- 家
- Bioconductor 3.16
- 软件包
- FilterFFPE
FilterFFPE
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
DOI:10.18129 / B9.bioc.FilterFFPE
FFPE人工嵌合读为门店数据过滤
Bioconductor版本:版本(3.16)
这个包发现和过滤器人工嵌合读取特别是下一代测序(上天)过程中产生的formalin-fixed石蜡包埋组织(FFPE)。这些人造嵌合读取会导致大量的假阳性结构变化(SV)调用。所需输入的一个索引文件的BAM FFPE样本。
作者:拉妮魏(aut (cre)
维护人员:拉妮魏<拉妮。魏在uni-muenster.de >
从内部引用(R,回车引用(“FilterFFPE”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“FilterFFPE”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“FilterFFPE”)
| R脚本 | 介绍FilterFFPE | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 对齐,预处理,质量控制,测序,软件,StructuralVariation |
| 版本 | 1.8.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.12 (r - 4.0)(2年) |
| 许可证 | LGPL-3 |
| 取决于 | |
| 进口 | foreach,doParallel,GenomicRanges,IRanges,Rsamtools平行,S4Vectors |
| 链接 | |
| 建议 | BiocStyle |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | FilterFFPE_1.8.0.tar.gz |
| Windows二进制 | FilterFFPE_1.8.0.zip(64位) |
| macOS二进制(x86_64) | FilterFFPE_1.8.0.tgz |
| macOS二进制(arm64) | FilterFFPE_1.8.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/FilterFFPE |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ FilterFFPE |
| Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/FilterFFPE/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/FilterFFPE/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
