FastqCleaner

DOI:10.18129 / B9.bioc.FastqCleaner

闪亮的申请质量控制、过滤和修剪FASTQ文件

Bioconductor版本:版本(3.17)

交互式web应用程序的质量控制、过滤和修剪FASTQ文件。这个用户友好工具结合的管道数据处理基于Biostrings和ShortRead基础设施、先进的视觉环境。Single-Read和Paired-End文件可以在本地处理。诊断互动情节(CG内容,每个基站序列质量等)提供的输入和输出文件。

作者:莱安德罗拱形门(aut (cre) Fernan阿奎罗(aut),丹尼尔·桑切斯(aut)

维护人员:莱安德罗拱形门< learoser gmail.com >

从内部引用(R,回车引用(“FastqCleaner”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“FastqCleaner”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“FastqCleaner”)

HTML R脚本 介绍FastqCleaner
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews 质量控制,SangerSeq,SequenceMatching,测序,软件
版本 1.18.0
Bioconductor自 BioC 3.8 (r - 3.5)(4.5年)
许可证 麻省理工学院+文件许可证
取决于
进口 方法、闪亮的统计数据,IRanges,Biostrings,ShortRead,DT,S4Vectors、图形htmltools、shinyBS Rcpp (> = 0.12.12)
链接 Rcpp
建议 BiocStyle,knitr testthat rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 FastqCleaner_1.18.0.tar.gz
Windows二进制 FastqCleaner_1.18.0.zip
macOS二进制(x86_64) FastqCleaner_1.18.0.tgz
macOS二进制(arm64) FastqCleaner_1.17.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/FastqCleaner
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ FastqCleaner
Bioc包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/FastqCleaner/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/FastqCleaner/
包下载报告 下载数据

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