盛宴
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DOI:10.18129 / B9.bioc.FEAST
单细胞聚类的特征选择
Bioconductor版本:发行版(3.16)
细胞聚类是单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据分析中最重要和最常执行的任务之一。细胞聚类的一个重要步骤是选择一个基因子集(称为“特征”)，其表达模式随后将用于下游聚类。一个好的特征集应该包括区分不同细胞类型的特征，而这种特征集的质量对聚类精度有重要影响。FEAST是一个R库，用于在执行scRNA-seq聚类核心之前选择最具代表性的特征。它可以用作已建立的聚类算法(如SC3、TSCAN、SHARP、SIMLR和Seurat)的插件。FEAST算法的核心包括三个步骤:1.算法的实现;共识聚类;2.基因水平显著性推断;3. validation of an optimized feature set.
作者:苏克农[aut, cre]，吴昊[aut]
维护者:Kenong Su < Kenong。Su在emory.edu>
引文(从R内，输入引用(“盛宴”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“盛宴”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | FEAST用户指南 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 聚类，FeatureExtraction，测序，SingleCell，软件 |
| 版本 | 1.6.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年) |
| 许可证 | GPL-2 |
| 取决于 | R (>= 4.1)，mclust，BiocParallel，SummarizedExperiment |
| 进口 | SingleCellExperiment，方法，统计，utils，irlba，TSCAN，SC3，matrixStats |
| 链接 | |
| 建议 | rmarkdown，修拉，ggpubr，knitr，testthat(> = 3.0.0),BiocStyle |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| BugReports | https://github.com/suke18/FEAST/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | FEAST_1.6.0.tar.gz |
| Windows二进制 | FEAST_1.6.0.zip(64位) |
| macOS二进制文件(x86_64) | FEAST_1.6.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | FEAST_1.6.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/FEAST |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/FEAST |
| 生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/FEAST/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/FEAST/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
