ExpHunterSuite

DOI:10.18129 / B9.bioc.ExpHunterSuite

转录组数据综合分析包

Bioconductor版本:发行版(3.16)

ExpHunterSuite实现了一个全面的协议,使用已建立的*R*包分析转录数据,并结合其结果。它涵盖了RNA-seq数据的DEG检测、CEG检测和功能分析的所有关键步骤。它被实现为一个R包,包含可以交互运行的函数。此外,它还包含包装函数的脚本,可以直接从命令行运行。

作者:James Perkins [aut, cre], Pedro Seoane Zonjic [au],费尔南多·莫雷诺·贾巴托[au], José Córdoba卡巴列罗[aut],埃琳娜·罗哈诺·里维拉[aut],罗西奥·鲍蒂斯塔·莫雷诺[au],贡萨洛·克拉罗斯[au],伊莎贝尔·冈萨雷斯·盖特[aut],胡安·安东尼奥García拉尼亚[aut]

维护者:James Perkins

引文(从R内,输入引用(“ExpHunterSuite”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("ExpHunterSuite")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“ExpHunterSuite”)

超文本标记语言 R脚本 表达式猎人套件
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews GeneExpressionWorkflow工作流
版本 1.5.0
许可证 MIT +文件许可证
取决于 R (>= 4.1.0)
进口 ReactomePAlimma刨边机NOISeqbiomaRttopGOclusterProfilerdiffcoexpDTggplot2stringrWGCNAdplyrAnnotationDbiBiocGenericsenrichplotrmarkdown统计数据,BiobaseDESeq2ROCRdata.tableknitrmagrittrSummarizedExperimentmiRBaseConverterpbapply, grDevices,图形,utils,BiocParallelMKinfermatrixStatsrlangplyrtidyr
链接
建议 optparsePerformanceAnalyticsnaivebayesreshape2移行细胞癌org.Hs.eg.dborg.Mm.eg.db
SystemRequirements
增强了
URL
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 ExpHunterSuite_1.5.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64)
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ExpHunterSuite
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ExpHunterSuite
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/ExpHunterSuite/
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