EventPointer

DOI:10.18129 / B9.bioc.EventPointer

可变剪接事件使用结阵列的有效识别和RNA-Seq数据

Bioconductor版本:版本(3.17)

EventPointer R包来确定可变剪接事件,涉及简单的(病例对照试验)或复杂的实验设计等课程的实验和研究包括成对样品。该算法可以用来分析数据从结阵列(Affymetrix数组)或(RNA-Seq)测序数据。检测到的软件返回data.frame可变剪接事件:基因名称、类型的事件(磁带,替代3 ',…,等等),基因位置,拼接百分比的统计意义和增量(δPSI)的所有事件。该算法可以生成一系列文件发现可变剪接事件IGV形象化。这简化了解释结果和标准PCR引物的设计验证。

作者:胡安-帕布鲁罗梅罗(aut),胡安·a·Ferrer-Bonsoms (aut (cre),巴勃罗教堂司事(aut),还Muniategui (aut),费尔南多Carazo (aut),还Aramburu (aut),天使卢比奥(aut)

维护人员:胡安·a·Ferrer-Bonsoms < jafhernandez在tecnun.es >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“EventPointer”)

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文档

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HTML	R脚本	EventPointer
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	AlternativeSplicing,DifferentialSplicing,ImmunoOncology,RNASeq,测序,软件,TimeCourse,转录,mRNAMicroarray
版本	3.8.0
Bioconductor自	BioC 3.5 (r - 3.4)(6年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5.0),SGSeq矩阵,SummarizedExperiment
进口	GenomicFeaturesstringr,GenomeInfoDb,质量igraph nnls,limmamatrixStats,RBGLprodlim,图、方法、跑龙套、统计、doParallel foreach,affxparser,GenomicRanges,S4Vectors,IRanges,qvalue、穗轴、rhdf5,BSgenome,Biostringsglmnet abind,迭代器,lpSolve poibin, speedglm,tximport,fgsea
链接
建议	knitr rmarkdown,BiocStyleRUnit,BiocGenerics、dplyr kableExtra
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/jpromeror/EventPointer/issues
取决于我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	EventPointer_3.8.0.tar.gz
Windows二进制	EventPointer_3.8.0.zip
macOS二进制(x86_64)	EventPointer_3.8.0.tgz
macOS二进制(arm64)	EventPointer_3.7.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/EventPointer
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ EventPointer
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/EventPointer/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/EventPointer/
包下载报告	下载数据
老BioC 3.17源码包	源存档