EpiCompare

DOI:10.18129 / B9.bioc.EpiCompare

表观基因组数据集的比较、比对和质量控制

Bioconductor版本:发行版(3.16)

EpiCompare用于比较和分析表观遗传数据集，用于质量控制和基准测试。这个包输出一个HTML报告，由三个部分组成:(1)。(2)样本的峰(黑名单峰和非标峰的百分比、峰宽)和片段(重复率)的指标;峰重叠)峰重叠与不重叠的百分比及统计学意义。还包括打乱情节和(3。峰的函数标注(ChromHMM, ChIPseeker和富集分析)。还包括TSS附近的峰值富集。

作者:Sera Choi [aut, cre]， Brian Schilder [aut]，莱拉·阿巴索娃[aut]，艾伦·墨菲[aut]，内森·斯基恩[au]

维护者:Sera Choi

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“EpiCompare”)

超文本标记语言	R脚本	码头工人
超文本标记语言	R脚本	EpiCompare
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文本		新闻

细节

biocViews	ATACSeq，ChIPSeq，DNaseSeq，表观遗传学，FunctionalGenomics，遗传学，MultipleComparison，质量控制，软件
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.1.0)
进口	AnnotationHub，BRGenomics，ChIPseeker，data.table，genomation，GenomicRanges，IRanges，GenomeInfoDb，ggplot2，htmltools、方法、情节，reshape2，rmarkdown，rtracklayer统计数据,stringr跑龙套,BiocGenerics
链接
建议	獾，BiocFileCache，BiocParallel平行,BiocStyle，clusterProfiler，GenomicAlignmentsgrDevices,htmlwidgets，knitr，org.Hs.eg.db，testthat(> = 3.0.0),tidyr，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10，UpSetR，plyranges，尺度，矩阵，consensusSeekeR
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/neurogenomics/EpiCompare
BugReports	https://github.com/neurogenomics/EpiCompare/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	EpiCompare_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	EpiCompare_1.2.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	EpiCompare_1.2.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	EpiCompare_1.1.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/EpiCompare
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/EpiCompare
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/EpiCompare/
软件包下载报告	下载数据