EnrichmentBrowser

DOI:10.18129 / B9.bioc.EnrichmentBrowser

基于集的和基于网络的丰富分析相结合的无缝导航

Bioconductor版本:发行版(3.16)

richmentbrowser包实现了基因表达数据的丰富分析的基本功能。该分析结合了基于集的富集分析和基于网络的富集分析的优势，以获得在所研究的表达数据中差异调控的高置信基因集和生物途径。此外，该软件包促进了这些集和路径的可视化和探索。

作者:Ludwig Geistlinger [aut, cre]， Gergely Csaba [aut]， Mara Santarelli [ctb]， Mirko Signorelli [ctb]， Marcel Ramos [ctb]， Levi Waldron [ctb]， Ralf Zimmer [aut]

维护者:Ludwig Geistlinger

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“EnrichmentBrowser”)

PDF	R脚本	EnrichmentBrowser手册
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，GeneExpression，GeneSetEnrichment，GraphAndNetwork，ImmunoOncology，微阵列，网络，NetworkEnrichment，通路，RNASeq，ReportWriting，软件，可视化
版本	2.28.0
在Bioconductor	BioC 3.0 (R-3.1)(8.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	SummarizedExperiment，图
进口	AnnotationDbi，BiocFileCache，BiocManager，GSEABase，GO.db，KEGGREST，KEGGgraph，Rgraphviz，S4Vectors，SPIA，刨边机，石墨，hwriter，limma、方法、pathview，安全
链接
建议	所有，BiocStyle，ComplexHeatmap，DESeq2，ReportingTools，气道，biocGraph，hgu95av2.db，geneplotter，knitr，msigdbr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/lgeistlinger/EnrichmentBrowser/issues
全靠我
进口我	GSEABenchmarkeR，天顶
建议我	GenomicSuperSignature
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	EnrichmentBrowser_2.28.0.tar.gz
Windows二进制	EnrichmentBrowser_2.28.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	EnrichmentBrowser_2.28.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	EnrichmentBrowser_2.28.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/EnrichmentBrowser
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/浓缩铀浏览器
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/EnrichmentBrowser/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/EnrichmentBrowser/
软件包下载报告	下载数据