DiffBind

DOI:10.18129 / B9.bioc.DiffBind

ChIP-Seq峰值数据的差分绑定分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

使用亲和(定量)数据从多个ChIP-seq实验中计算差异绑定位点。还支持占用(重叠)分析和绘图功能。

作者:罗里·斯塔克[aut, cre]，高德·布朗[aut]

维护者:Rory Stark < Rory。Stark在cruk.cam.ac.uk>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

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browseVignettes(“DiffBind”)

PDF	R脚本	DiffBind: ChIP-Seq峰值数据的差分绑定分析
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细节

biocViews	ATACSeq，BiomedicalInformatics，CellBiology，ChIPSeq，DNaseSeq，DifferentialMethylation，DifferentialPeakCalling，表观遗传学，FunctionalGenomics，GeneRegulation，HistoneModification，MethylSeq，MultipleComparison，归一化，PeakDetection，RIPSeq，ReportWriting，测序，软件
版本	3.8.0
在Bioconductor	BioC 2.9 (R-2.14)(11年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.0)，GenomicRanges，SummarizedExperiment
进口	RColorBrewer，北极监测和评估方案，gplotsgrDevices,limma，GenomicAlignments，locfit，统计，utils，IRanges，晶格，systemPipeR、工具、Rcpp，dplyr，ggplot2，BiocParallel平行,S4Vectors，Rsamtools(> = 2.13.1),DESeq2、方法、图形、ggrepel，apeglm，ashr，GreyListChIP
链接	Rhtslib(> = 1.99.1),Rcpp
建议	BiocStyle，testthat，xtable
SystemRequirements	GNU使
增强了	rgl，XLConnect，刨边机，csaw，BSgenome，GenomeInfoDb，profileplyr，rtracklayer、网格
URL	https://www.cruk.cam.ac.uk/core-facilities/bioinformatics-core/software/DiffBind
全靠我	ChIPQC，火神
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	DiffBind_3.8.0.tar.gz
Windows二进制	DiffBind_3.8.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	DiffBind_3.8.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	DiffBind_3.7.5.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DiffBind
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/DiffBind
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DiffBind/
软件包下载报告	下载数据