DiffBind

DOI:10.18129 / B9.bioc.DiffBind

ChIP-Seq峰值数据的差分绑定分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

使用亲和(定量)数据从多个ChIP-seq实验中计算差异绑定位点。还支持占用(重叠)分析和绘图功能。

作者:罗里·斯塔克[aut, cre],高德·布朗[aut]

维护者:Rory Stark < Rory。Stark在cruk.cam.ac.uk>

引文(从R内,输入引用(“DiffBind”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“DiffBind”)

PDF R脚本 DiffBind: ChIP-Seq峰值数据的差分绑定分析
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细节

biocViews ATACSeqBiomedicalInformaticsCellBiologyChIPSeqDNaseSeqDifferentialMethylationDifferentialPeakCalling表观遗传学FunctionalGenomicsGeneRegulationHistoneModificationMethylSeqMultipleComparison归一化PeakDetectionRIPSeqReportWriting测序软件
版本 3.8.0
在Bioconductor BioC 2.9 (R-2.14)(11年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 4.0),GenomicRangesSummarizedExperiment
进口 RColorBrewer北极监测和评估方案gplotsgrDevices,limmaGenomicAlignmentslocfit,统计,utils,IRanges晶格systemPipeR、工具、Rcppdplyrggplot2BiocParallel平行,S4VectorsRsamtools(> = 2.13.1),DESeq2、方法、图形、ggrepelapeglmashrGreyListChIP
链接 Rhtslib(> = 1.99.1),Rcpp
建议 BiocStyletestthatxtable
SystemRequirements GNU使
增强了 rglXLConnect刨边机csawBSgenomeGenomeInfoDbprofileplyrrtracklayer、网格
URL https://www.cruk.cam.ac.uk/core-facilities/bioinformatics-core/software/DiffBind
全靠我 ChIPQC火神
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 DiffBind_3.8.0.tar.gz
Windows二进制 DiffBind_3.8.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64) DiffBind_3.8.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) DiffBind_3.7.5.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DiffBind
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/DiffBind
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/DiffBind/
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