DepInfeR

DOI:10.18129 / B9.bioc.DepInfeR

通过整合体外药物反应试验和药物蛋白分析推断肿瘤特异性癌症依赖性

Bioconductor版本:发行版(3.16)

DepInfeR集成了两个实验上可访问的输入数据矩阵:癌症细胞系或原发肿瘤的体外药物敏感性(X)和一组蛋白质的药物亲和性(Y)，以推断癌症的分子蛋白质依赖性矩阵(ß)。DepInfeR利用正则化多元线性回归解蜗壳蛋白对活力表型的抑制作用。它为每个蛋白质和每个样本指定了一个“依赖系数”，因此可以用于获得对异质性疾病中基因组畸变的功能后果的因果和准确理解，并指导对特定癌症类型、亚型或个体患者的药物干预的选择。欲了解更多信息，请阅读预印本bioRxiv: https://doi.org/10.1101/2022.01.11.475864。

作者:陆俊燕[aut, cre]， Alina Batzilla [au]

维护人员:Junyan Lu

安装

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如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("DepInfeR")

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文档

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超文本标记语言	R脚本	DepInfeR
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文本		新闻

细节

biocViews	FunctionalGenomics，遗传药理学，药物基因组学，回归，软件
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.2.0)
进口	matrixStats，glmnet统计数据,BiocParallel
链接
建议	testthat(> = 3.0.0),knitr，rmarkdown，dplyr，tidyr，宠物猫，ggplot2，missForest，pheatmap，RColorBrewer，ggrepel，ggbeeswarm
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/Huber-group-EMBL/DepInfeR/issues
取决于我
进口我
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包档案

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源包	DepInfeR_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	DepInfeR_1.2.0.zip
macOS二进制(x86_64)	DepInfeR_1.2.0.tgz
macOS二进制(arm64)	DepInfeR_1.1.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DepInfeR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DepInfeR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DepInfeR/
包下载报告	下载数据