剂量

DOI:10.18129 / B9.bioc.DOSE

疾病本体语义和富集分析

Bioconductor版本:版本(3.15)

这个包实现了蕾斯尼克提出的五个方法,分别Schlicker,江,林和王之间的语义相似性测量条款和基因产物。富集分析包括超几何模型和基因集富集分析也发现疾病的关联实现高通量生物数据。

作者:Guangchuang Yu (aut (cre),李亘王(施),弗拉季斯拉夫•Petyuk[所有],乔凡尼达尔奥廖[所有],Erqiang胡(施)

维护人员:Guangchuang于< guangchuangyu gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“剂量”)

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文档

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browseVignettes(“剂量”)

HTML	R脚本	剂量
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释,GeneSetEnrichment,MultipleComparison,通路,软件,可视化
版本	3.22.0
Bioconductor自	BioC 2.9 (r - 2.14)(10.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	AnnotationDbi,BiocParallel,DO.db,fgsea,ggplot2,GOSemSim(> = 2.0.0)、方法qvalue,reshape2统计,跑龙套
链接
建议	prettydoc,clusterProfiler,knitr,rmarkdown,org.Hs.eg.db,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://yulab-smu.top/biomedical-knowledge-mining-book/
BugReports	https://github.com/GuangchuangYu/DOSE/issues
取决于我
进口我	bioCancer,clusterProfiler,debrowser,eegc,enrichplot,GDCRNATools,MAGeCKFlute,网格,miRspongeR,MoonlightR,pareg,Pigengene,ReactomePA,RegEnrich,RNASeqR,scTensor,signatureSearch
建议我	可乐,GOSemSim,GRaNIE,rrvgo,scGPS,simplifyEnrichment
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	DOSE_3.22.0.tar.gz
Windows二进制	DOSE_3.22.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	DOSE_3.22.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DOSE
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/剂量
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DOSE/
包下载报告	下载数据