DNAfusion

DOI:10.18129 / B9.bioc.DNAfusion

使用paired-end测序鉴定的基因融合

Bioconductor版本:版本(3.17)

DNAfusion可以根据paired-end识别融合,如针对有eml4 - alk基因测序结果。这个包是使用位置删除处理BAM文件生成AVENIO肿瘤学分析软件。这些文件是由使用AVENIO ctDNA监测设备和Illumina公司Nextseq 500测序。这是一种有针对性的杂交挥动的方法,包括ALK-specific但不是EML4-specific探针。

作者:christof特里尔Maansson (aut (cre),艾玛·罗杰·安德森(施,牧师),Maiken Parm Ulhoi (dtc),彼得Meldgaard (dtc),英国央行Sandahl索伦森(牧师,曾经)

维护人员:christof特里尔Maansson <中医在clin.au.dk >

从内部引用(R,回车引用(“DNAfusion”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“DNAfusion”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

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文本 新闻

细节

biocViews GeneFusionDetection,遗传学,测序,软件,TargetedResequencing
版本 1.2.0
Bioconductor自 BioC 3.16 (r - 4.2)(0.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (> = 4.2.0)
进口 bamsignals,GenomicRanges,IRanges,Rsamtools,GenomicAlignments,BiocBaseUtils,S4Vectors,GenomicFeatures,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene,BiocGenerics
链接
建议 knitr、rmarkdown testthat sessioninfo,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/CTrierMaansson/DNAfusion
BugReports https://github.com/CTrierMaansson/DNAfusion/issues
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 DNAfusion_1.2.0.tar.gz
Windows二进制 DNAfusion_1.2.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64) DNAfusion_1.2.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DNAfusion
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DNAfusion
Bioc包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/DNAfusion/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/DNAfusion/
包下载报告 下载数据

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