DMRcate

DOI:10.18129 / B9.bioc.DMRcate

甲基化阵列和测序空间分析方法

Bioconductor版本:发行版(3.16)

使用全基因组亚硫酸氢盐测序(WGBS)和Illumina Infinium阵列(450K和EPIC)数据从人类基因组中重新鉴定和提取差异甲基化区域(DMRs)。提供过滤可能被snp和交叉杂交混淆的探针的功能。包括GRanges生成和绘图功能。

作者:蒂姆·彼得斯

维护人员:Tim Peters

引文(从R内,输入引用(“DMRcate”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

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文档

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browseVignettes(“DMRcate”)

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文本 许可证

细节

biocViews 报道DNAMethylationDataImportDifferentialExpressionDifferentialMethylation表观遗传学GeneExpression遗传学GenomeAnnotationMethylationArray微阵列MultipleComparisonOneChannel预处理质量控制测序软件TimeCourseTwoChannelWholeGenome
版本 2.12.0
在Bioconductor BioC 2.14 (R-3.1)(8.5年)
许可证 文件许可证
取决于 R (>= 4.0.0)
进口 ExperimentHubbsseqGenomeInfoDblimma刨边机DSSminfimissMethylGenomicRangesplyrGvizIRanges,统计,utils,S4Vectors、方法、图形、SummarizedExperiment
链接
建议 knitrRUnitBiocGenericsIlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19FlowSorted.Blood.EPICtissueTregDMRcatedata
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源包 DMRcate_2.12.0.tar.gz
Windows二进制 DMRcate_2.12.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) DMRcate_2.12.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) DMRcate_2.12.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DMRcate
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/DMRcate
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/DMRcate/
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