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DMRcate
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DOI:10.18129 / B9.bioc.DMRcate
甲基化阵列和测序空间分析方法
Bioconductor版本:发行版(3.16)
使用全基因组亚硫酸氢盐测序(WGBS)和Illumina Infinium阵列(450K和EPIC)数据从人类基因组中重新鉴定和提取差异甲基化区域(DMRs)。提供过滤可能被snp和交叉杂交混淆的探针的功能。包括GRanges生成和绘图功能。
作者:蒂姆·彼得斯
维护人员:Tim Peters
引文(从R内，输入引用(“DMRcate”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“DMRcate”)
| R脚本 | DMRcate包使用指南 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | 报道，DNAMethylation，DataImport，DifferentialExpression，DifferentialMethylation，表观遗传学，GeneExpression，遗传学，GenomeAnnotation，MethylationArray，微阵列，MultipleComparison，OneChannel，预处理，质量控制，测序，软件，TimeCourse，TwoChannel，WholeGenome |
| 版本 | 2.12.0 |
| 在Bioconductor | BioC 2.14 (R-3.1)(8.5年) |
| 许可证 | 文件许可证 |
| 取决于 | R (>= 4.0.0) |
| 进口 | ExperimentHub，bsseq，GenomeInfoDb，limma，刨边机，DSS，minfi，missMethyl，GenomicRanges，plyr，Gviz，IRanges，统计，utils，S4Vectors、方法、图形、SummarizedExperiment |
| 链接 | |
| 建议 | knitr，RUnit，BiocGenerics，IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19，IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19，FlowSorted.Blood.EPIC，tissueTreg，DMRcatedata |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 全靠我 | 冠军，methylationArrayAnalysis |
| 进口我 | |
| 建议我 | missMethyl |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | DMRcate_2.12.0.tar.gz |
| Windows二进制 | DMRcate_2.12.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | DMRcate_2.12.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | DMRcate_2.12.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DMRcate |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/DMRcate |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/DMRcate/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
