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DIAlignR
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DOI:10.18129 / B9.bioc.DIAlignR
基于动态规划的一致性一色谱
Bioconductor版本:版本(3.16)
获得公正的蛋白质组覆盖从生物样品,质谱仪操作在数据独立收购(DIA)模式。对齐的DIA运行建立一致性和不完整的数据矩阵中的遗漏值。这个方案实现了动态规划和基于仿射点球差距的方法分析物的两两对齐。混合全局比对的方法(通过一份功能)和局部比对(一份色谱)中实现这个工具。
作者:Shubham古普塔(aut (cre)
,汉斯·罗斯特(aut),贾斯汀唱(aut)
维护人员:Shubham Gupta < Shubham。1637年gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“DIAlignR”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“DIAlignR”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“DIAlignR”)
| HTML | R脚本 | 一份基于色谱质谱仪对齐目标运行 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 对齐,MassSpectrometry,代谢组学,蛋白质组学,软件 |
| 版本 | 2.6.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.11 (r - 4.0)(2.5年) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | 方法、统计、R (> = 4.0) |
| 进口 | 动物园(1.8 > = 3),data.table,magrittr,dplyr,tidyr,rlang,mzR(> = 2.18),信号,bit64,网状,ggplot2,RSQLite,DBI,猿,phangorn,pracma,RMSNumpress,Rcpp |
| 链接 | Rcpp,RcppEigen |
| 建议 | knitr,akima,晶格,尺度,gridExtra,latticeExtra,rmarkdown,BiocStyle,BiocParallel,testthat(> = 2.1.0的) |
| SystemRequirements | c++ 14 |
| 增强了 | |
| URL | |
| BugReports | https://github.com/shubham1637/DIAlignR/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | DIAlignR_2.6.0.tar.gz |
| Windows二进制 | DIAlignR_2.6.0.zip(64位) |
| macOS二进制(x86_64) | DIAlignR_2.6.0.tgz |
| macOS二进制(arm64) | DIAlignR_2.6.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DIAlignR |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DIAlignR |
| Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/DIAlignR/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/DIAlignR/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
