DEqMS

DOI:10.18129 / B9.bioc.DEqMS

一个工具来执行统计分析蛋白质差异表达的定量蛋白质组学数据。

Bioconductor版本:版本(3.17)

DEqMS开发Limma之上。然而,同样Limma假定先验方差对所有基因。在蛋白质组学,蛋白质丰度估计的准确性不同肽的数量/ psm量化label-free和标签数据。由多个多肽或蛋白质量化psm更准确。DEqMS包之前能够估计不同差异蛋白质量化由不同数量的psm /肽,因此人们更好的精度。这个包可以应用于分析label-free和标记蛋白质组学数据。

作者:Yafeng朱

维修工:朱Yafeng < Yafeng。朱:outlook.com >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“DEqMS”)

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细节

biocViews	贝叶斯,DifferentialExpression,ExperimentHubSoftware,ImmunoOncology,MassSpectrometry,MultipleComparison,归一化,预处理,蛋白质组学,软件
版本	1.18.0
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(4.5年)
许可证	LGPL
取决于	R(> = 3.5),图形、属性、ggplot2, matrixStats,limma(> = 3.34)
进口
链接
建议	BiocStyle,rmarkdown knitr减价,plyr reshape2,农场,ggrepel跑龙套ExperimentHub、迷幻药
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/yafeng/DEqMS/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	DEqMS_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	DEqMS_1.18.0.zip
macOS二进制(x86_64)	DEqMS_1.18.0.tgz
macOS二进制(arm64)	DEqMS_1.18.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DEqMS
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DEqMS
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/DEqMS/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DEqMS/
包下载报告	下载数据