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DEWSeq
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DOI:10.18129 / B9.bioc.DEWSeq
基于负二项分布的微分表达式窗口
Bioconductor版本:发行版(3.16)
DEWSeq是一种滑动窗口方法，用于分析差异富集的结合区eCLIP或iCLIP下一代测序数据。
作者:Sudeep Sahadevan [aut]， Thomas Schwarzl [aut]， Hentze生物信息学团队[aut, cre]
维护者:生物信息学团队Hentze
引用(从R中，输入引用(“DEWSeq”))：
安装
要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("DEWSeq")
对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:
browseVignettes(“DEWSeq”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | 用DEWSeq分析eCLIP/iCLIP数据 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | DifferentialExpression，FunctionalGenomics，GeneRegulation，测序，软件 |
| 版本 | 1.12.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.10 (R-3.6)(3年) |
| 许可证 | LGPL (> = 3) |
| 取决于 | R (> = 4.0.0),R.utils，DESeq2，BiocParallel |
| 进口 | BiocGenerics，data.table(> = 1.11.8),GenomeInfoDb，GenomicRanges、方法、S4Vectors，SummarizedExperiment统计,跑龙套 |
| 链接 | |
| 建议 | knitr，rmarkdown，testthat，BiocStyle，IHW |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/EMBL-Hentze-group/DEWSeq/ |
| BugReports | https://github.com/EMBL-Hentze-group/DEWSeq/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。
| 源包 | DEWSeq_1.12.0.tar.gz |
| Windows二进制 | DEWSeq_1.12.0.zip |
| macOS二进制(x86_64) | DEWSeq_1.12.0.tgz |
| macOS二进制(arm64) | DEWSeq_1.11.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DEWSeq |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DEWSeq |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/DEWSeq/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
