DESeq2
DOI:
10.18129 / B9.bioc.DESeq2
基于负二项分布的差异基因表达分析
Bioconductor版本:发布(3.12)
估计来自高通量测序分析计数数据的方差-均值依赖性和基于使用负二项分布的模型的差异表达测试。
作者:Michael Love [aut, cre]， Constantin Ahlmann-Eltze [ctb]， Kwame Forbes [ctb]， Simon Anders [aut, ctb]， Wolfgang Huber [aut, ctb]
维护人员:Michael Love < michaelaiahlove在gmail.com>
安装
要安装这个包，启动R(版本为“4.0”)并输入:
如果(!require ("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("DESeq2")
对于旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。
文档
要查看系统中安装的这个包的版本文档，启动R并输入:
browseVignettes(“DESeq2”)
细节
| biocViews |
贝叶斯,ChIPSeq,聚类,DifferentialExpression,GeneExpression,ImmunoOncology,归一化,PrincipalComponent,RNASeq,回归,测序,软件,转录 |
| 版本 |
1.30.1 |
| Bioconductor自 |
BioC 2.12 (R-3.0)(8年) |
| 许可证 |
LGPL (> = 3) |
| 取决于 |
S4Vectors(> = 0.23.18),IRanges,GenomicRanges,SummarizedExperiment(> = 1.1.6) |
| 进口 |
BiocGenerics(> = 0.7.5),Biobase,BiocParallel,genefilter、方法、stats4locfit,geneplotter,ggplot2,Rcpp(> = 0.11.0)它 |
| 链接 |
Rcpp,RcppArmadillo |
| 建议 |
testthat,knitr,rmarkdown,vsn,pheatmap,RColorBrewer,apeglm,ashr,tximport,tximeta,tximportData,readr,pbapply,气道,pasilla(> = 0.2.10),glmGamPoi,BiocManager |
| SystemRequirements |
|
| 增强了 |
|
| URL |
https://github.com/mikelove/DESeq2 |
| 取决于我 |
DEWSeq,DEXSeq,FourCSeq,metaseqR2,rgsepd,rnaseqDTU,rnaseqGene,移行细胞癌,XBSeq |
| 进口我 |
Anaquin,微生物,anota2seq,BloodCancerMultiOmics2017,BRGenomics,CeTF,circRNAprofiler,consensusDE,coseq,countsimQC,DaMiRseq,debrowser,DEComplexDisease,反编排,DEGreport,deltaCaptureC,DEsubs,DiffBind,EBSEA,eegc,ERSSA,exomePeak2,FieldEffectCrc,GDCRNATools,GeneTonic,GenoGAM,Glimma,HTSFilter,icetea,理想的,IHWpaper,ImpulseDE2,检查,感兴趣,isomiRs,JunctionSeq,kissDE,microbiomeExplorer,MLSeq,马斯喀特,NBAMSeq,ORFik,先驱者,PathoStat,pcaExplorer,phantasus,高伦雅芙,recountWorkflow,RegEnrich,regionReport,ReportingTools,Rmmquant,RNASeqR,scBFA,singleCellTK,SNPhood,spatialHeatmap,srnadiff,systemPipeR,TBSignatureProfiler,TimeSeriesExperiment,UMI4Cats,vidger |
| 建议我 |
aggregateBioVar,apeglm,bambu,biobroom,BiocGenerics,BioCor,BiocSet,篮球选手,CAGEWorkflow,compcodeR,curatedAdipoChIP,curatedAdipoRNA,dearseq,derfinder,diffloop,dittoSeq,EDASeq,EnhancedVolcano,EnrichmentBrowser,鱼池,fluentGenomics,计,GenomicAlignments,GenomicRanges,glmGamPoi,IHW,JctSeqData,miRmine,OPWeight,phyloseq,后代,重新计票,RegParallel,RUVSeq,食物,Single.mTEC.Transcriptomes,subSeq,SummarizedBenchmark,systemPipeShiny,TFEA。芯片,tidybulk,ToPASeq,topconfects,tximeta,tximport,variancePartition,扳手,zinbwave |
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