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DAMEfinder
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DOI:10.18129 / B9.bioc.DAMEfinder
发现DAMEs -差异等位基因甲基化区域
Bioconductor版本:发行版(3.16)
'DAMEfinder'提供了获取methtuple或bismark输出来计算ASM分数和计算DAMEs的功能。它还提供了很好的甲基圆图的可视化。
作者:Stephany Orjuela [aut, cre]
，达尼娅·马赫拉布[aut]，马克·罗宾逊[aut]
维护:Stephany Orjuela
引文(从R内，输入引用(“DAMEfinder”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“DAMEfinder”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | DAMEfinder工作流 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | 报道，DNAMethylation，DifferentialMethylation，软件 |
| 版本 | 1.10.1 |
| 在Bioconductor | BioC 3.11 (R-4.0)(2.5年) |
| 许可证 | MIT +文件许可证 |
| 取决于 | R (>= 4.0) |
| 进口 | 统计数据,GenomeInfoDb，GenomicRanges，IRanges，S4Vectors，readr，SummarizedExperiment，GenomicAlignments，stringr，plyr，VariantAnnotation平行,ggplot2，Rsamtools，BiocGenerics、方法、limma，bumphunter，Biostrings，reshape2，cowplot,跑龙套 |
| 链接 | |
| 建议 | BiocStyle，knitr，rmarkdown，testthat，rtracklayer，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19 |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| BugReports | https://github.com/markrobinsonuzh/DAMEfinder/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | DAMEfinder_1.10.1.tar.gz |
| Windows二进制 | DAMEfinder_1.10.1.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | DAMEfinder_1.10.1.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | DAMEfinder_1.10.1.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DAMEfinder |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/DAMEfinder |
| 生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/DAMEfinder/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/DAMEfinder/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
| BioC 3.16的旧源包 | 源存档 |
