CytoGLMM

DOI:10.18129 / B9.bioc.CytoGLMM

流式和流式细胞术实验的条件差分分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

CytoGLMM R包实现了两种多元回归策略:一个引导广义线性模型(GLM)和一个广义线性混合模型(GLMM)。大多数当前的数据分析工具比较许多计算发现的细胞类型的表达式。CytoGLMM只关注一种细胞类型。我们更窄的应用领域允许我们定义更具体的统计模型，更容易控制统计保证。因此，CytoGLMM可以在流式细胞术和海量细胞术数据中发现差异蛋白，同时减少由标记物相关性引起的偏差，并防止因患者异质性引起的错误发现。

作者:Christof Seiler [aut, cre]

维护者:Christof Seiler < Christof。来自马斯特里赫特大学的塞勒

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

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文档

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browseVignettes(“CytoGLMM”)

超文本标记语言	R脚本	CytoGLMM工作流
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CellBasedAssays，CellBiology，FlowCytometry，ImmunoOncology，蛋白质组学，回归，SingleCell，软件，StatisticalMethod
版本	1.6.0
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	LGPL-3
取决于
进口	统计数据、方法BiocParallel，RColorBrewer，cowplot，doParallel，dplyr，factoextra，flexmix，ggplot2，magrittr，mb，pheatmap，speedglm，stringr，strucchange，宠物猫，ggrepel，质量，日志记录，矩阵，tidyr，脱字符号，rlang, grDevices
链接
建议	knitr，rmarkdown，testthat，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	https://christofseiler.github.io/CytoGLMMhttps://github.com/ChristofSeiler/CytoGLMM
BugReports	https://github.com/ChristofSeiler/CytoGLMM/issues
全靠我
进口我	CyTOFpower
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	CytoGLMM_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	CytoGLMM_1.6.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	CytoGLMM_1.6.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	CytoGLMM_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CytoGLMM
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CytoGLMM
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/CytoGLMM/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CytoGLMM/
软件包下载报告	下载数据