CompoundDb

DOI:10.18129 / B9.bioc.CompoundDb

创建和使用(化学)化合物注释数据库

Bioconductor版本:发行版(3.16)

CompoundDb提供了从各种不同来源(如LipidMaps、HMDB、ChEBI或MassBank)创建和使用(化学)化合物注释数据库的功能。数据库格式允许存储另外的MS/MS谱以及化合物信息。该包还为Bioconductor的光谱包提供了一个后端，从而允许将实验金属MS/MS光谱与数据库中的MS/MS光谱进行匹配。数据库可以以SQLite格式存储，因此是可移植的。

作者:Jan Stanstrup，约翰内斯·莱纳[aut, cre]，巴迪亚[ctb]，罗杰·吉内[au]， Andrea Vicini [aut]

维护者:Johannes Rainer < Johannes。在eurac.edu rainer >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("CompoundDb")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“CompoundDb”)

超文本标记语言	R脚本	创建复合ddb注释资源
超文本标记语言	R脚本	使用compoundb包使用注释资源
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文本		新闻

细节

biocViews	注释,MassSpectrometry,代谢组学,软件
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 4.1)，方法，AnnotationFilter,S4Vectors
进口	BiocGenerics,ChemmineR,宠物猫,jsonlite,dplyr,DBI,dbplyr,RSQLite,Biobase,ProtGenerics,xml2,IRanges,光谱(> = 1.5.17),MsCoreUtils,MetaboCoreUtils
链接
建议	knitr,rmarkdown,testthat,BiocStyle(> = 2.5.19),MsBackendMgf
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/RforMassSpectrometry/CompoundDb
BugReports	https://github.com/RforMassSpectrometry/CompoundDb/issues
取决于我
进口我	MetaboAnnotation
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	CompoundDb_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	CompoundDb_1.2.0.zip
macOS二进制(x86_64)	CompoundDb_1.2.0.tgz
macOS二进制(arm64)	CompoundDb_1.1.6.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CompoundDb
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CompoundDb
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CompoundDb/
包下载报告	下载数据