ChromSCape

DOI:10.18129 / B9.bioc.ChromSCape

用闪亮的应用程序分析单细胞表观基因组学数据集

Bioconductor版本:发行版(3.16)

ChromSCape -单细胞染色质景观分析-是一个随时可用的用户友好的应用程序，用于分析单细胞表观基因组数据集(scChIP-seq, scATAC-seq, scCUT&Tag，…)，从对齐数据到差异分析和基因集富集分析。它具有高度交互性，使用户能够保存他们的分析，并涵盖了广泛的分析步骤:QC，预处理，过滤，批量校正，降维，可视化，聚类，差分分析和基因集分析。

作者:Pacome Prompsy [aut, cre]——席琳·瓦洛[au]

维护者:Pacome Prompsy < Pacome . Pacome。在curie.fr>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ChromSCape”)

超文本标记语言	R脚本	ChromSCape
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ATACSeq,注释,BatchEffect,ChIPSeq,分类,聚类,DifferentialPeakCalling,表观遗传学,GeneSetEnrichment,MethylSeq,MultipleComparison,归一化,通路,预处理,PrincipalComponent,质量控制,ReportWriting,ShinyApps,SingleCell,软件,可视化
版本	1.8.0
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(2年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.1)
进口	闪亮的,colourpicker,shinyjs,rtracklayer,shinyFiles,shinyhelper,shinyWidgets,shinydashboardPlus,shinycssloaders,矩阵,情节,shinydashboard,colorRamps,kableExtra,冬青,后面;,BiocParallel平行,Rsamtools,ggplot2,ggrepel,gggenes,gridExtra,qualV,stringdist,stringr,fs,qs,DT,食物,嘘,ConsensusClusterPlus,Rtsne,dplyr,tidyr,GenomicRanges,IRanges,irlba,rlist,umap,宠物猫、方法、jsonlite,刨边机，统计，图形，grDevices, utils，S4Vectors,SingleCellExperiment,SummarizedExperiment,msigdbr,forcats,Rcpp,鸡笼,matrixTests,DelayedArray
链接	Rcpp
建议	testthat,knitr,减价,rmarkdown,BiocStyle,Signac,未来,igraph,咆哮,httr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/vallotlab/ChromSCape
BugReports	https://github.com/vallotlab/ChromSCape/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	ChromSCape_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	ChromSCape_1.8.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	ChromSCape_1.8.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	ChromSCape_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ChromSCape
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ChromSCape
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/ChromSCape/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ChromSCape/
软件包下载报告	下载数据