Chipseeker

doi：10.18129/b9.bioc.chipseeker

芯片峰值注释，比较和可视化

生物导体版本：版本（3.15）

该软件包实现功能以检索峰值峰附近的最接近基因，注释峰的基因组区域，用于估算芯片峰值数据集重叠的重要性的statstictal方法，并合并了GEO数据库，以使用户比较自己的数据集与存放在数据库中的数据集。该比较可用于推断合作调节，因此可以用于产生假设。实现了几种可视化函数，以总结峰实验的覆盖范围，平均谱图和与TSS区域结合，基因组注释，与TSS的距离以及峰或基因重叠的峰值。

作者：广琴Yu [AUT，CRE]，明li [CTB]，Yun Yan [CTB]，HervéPagès[CTB]，Michael Kluge [CTB]，Thomas Schwarzl [CTB]，Zhougeng Xu [CTB]

维护者：gmail.com> guangchuang yu

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ chipseeker”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Chipseeker”）

html	R脚本	Chipseeker：用于芯片峰值注释，比较和可视化的R包装
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	注解，，，，chipseq，，，，多重组合，，，，软件，，，，可视化
版本	1.32.0
在生物导体中	Bioc 2.14（R-3.1）（8年）
执照	艺术2.0
要看	R（> = 3.5.0）
进口	AnnotationDbi，，，，生物基因，，，，引导，，，，富集，，，，iranges，，，，GenomeInfodB，，，，基因组机，，，，GenomicFeatures，，，，GGPLOT2，，，，GPLOTS，图形，grdevices，gtools， 方法，plotrix，，，，dplyr， 平行，马格里特，，，，rcolorbrewer，，，，rtracklayer，，，，S4VECTORS，统计txdb.hsapiens.ucsc.hg19，UTILS
链接
建议	clusterProfiler，，，，ggimage，，，，ggplotify，，，，ggupset，，，，Reactomepa，，，，org.hs.eg.db，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，测试，，，，蒂布尔
系统要求
增强
URL	https://guangchuangyu.github.io/software/chipseeker
BugReports	https://github.com/yulab-smu/chipseeker/issues
取决于我
进口我	Epicompare，，，，esatac，，，，profileplyr，，，，细分器，，，，tcgaworkflow
建议我	策展adipochip，，，，格兰妮
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	chipseeker_1.32.0.tar.gz
Windows二进制	chipseeker_1.32.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	chipseeker_1.32.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chipseeker
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/chipseeker
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/chipseeker/
软件包下载报告	下载统计