Chipseeker

doi:10.18129/b9.bioc.chipseeker

芯片峰值注释,比较和可视化

生物导体版本:版本(3.15)

该软件包实现功能以检索峰值峰附近的最接近基因,注释峰的基因组区域,用于估算芯片峰值数据集重叠的重要性的statstictal方法,并合并了GEO数据库,以使用户比较自己的数据集与存放在数据库中的数据集。该比较可用于推断合作调节,因此可以用于产生假设。实现了几种可视化函数,以总结峰实验的覆盖范围,平均谱图和与TSS区域结合,基因组注释,与TSS的距离以及峰或基因重叠的峰值。

作者:广琴Yu [AUT,CRE],明li [CTB],Yun Yan [CTB],HervéPagès[CTB],Michael Kluge [CTB],Thomas Schwarzl [CTB],Zhougeng Xu [CTB]

维护者:gmail.com> guangchuang yu

引用(从r内,输入引用(“ Chipseeker”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:

if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)Biocmanager :: install(“ chipseeker”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

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Browsevignettes(“ Chipseeker”)

html R脚本 Chipseeker:用于芯片峰值注释,比较和可视化的R包装
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 注解,,,,chipseq,,,,多重组合,,,,软件,,,,可视化
版本 1.32.0
在生物导体中 Bioc 2.14(R-3.1)(8年)
执照 艺术2.0
要看 R(> = 3.5.0)
进口 AnnotationDbi,,,,生物基因,,,,引导,,,,富集,,,,iranges,,,,GenomeInfodB,,,,基因组机,,,,GenomicFeatures,,,,GGPLOT2,,,,GPLOTS,图形,grdevices,gtools, 方法,plotrix,,,,dplyr, 平行,马格里特,,,,rcolorbrewer,,,,rtracklayer,,,,S4VECTORS,统计txdb.hsapiens.ucsc.hg19,UTILS
链接
建议 clusterProfiler,,,,ggimage,,,,ggplotify,,,,ggupset,,,,Reactomepa,,,,org.hs.eg.db,,,,尼特,,,,rmarkDown,,,,测试,,,,蒂布尔
系统要求
增强
URL https://guangchuangyu.github.io/software/chipseeker
BugReports https://github.com/yulab-smu/chipseeker/issues
取决于我
进口我 Epicompare,,,,esatac,,,,profileplyr,,,,细分器,,,,tcgaworkflow
建议我 策展adipochip,,,,格兰妮
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 chipseeker_1.32.0.tar.gz
Windows二进制 chipseeker_1.32.0.zip
MacOS 10.13(高山脉) chipseeker_1.32.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chipseeker
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:包装/chipseeker
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/chipseeker/
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