ChIPexoQual

DOI:10.18129 / B9.bioc.ChIPexoQual

ChIPexoQual

Bioconductor版本:版本(3.17)

包的质量控制管道ChIP-exo /关系数据。

作者:雷内·韦尔奇,东峻涌Sunduz凯尔

维护人员:雷内·韦尔奇韦尔奇< stat.wisc.edu >

从内部引用(R,回车引用(“ChIPexoQual”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ChIPexoQual”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

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文本 新闻

细节

biocViews 对齐,ChIPSeq,报道,质量控制,测序,软件,转录,可视化
版本 1.24.0
Bioconductor自 BioC 3.5 (r - 3.4)(6年)
许可证 GPL (> = 2)
取决于 R (> = 3.5.0),GenomicAlignments(> = 1.0.1)
进口 方法,跑龙套,GenomeInfoDb统计数据,BiocParallel,GenomicRanges(> = 1.14.4)ggplot2(> = 1.0),数据。表(> = 1.9.6),Rsamtools(> = 1.16.1),IRanges(> = 1.6),S4Vectors(> = 0.8),biovizBase(> = 1.18),扫帚(> = 0.4),RColorBrewer (> = 1.1), dplyr(> = 0.5),天平(> = 0.4.0),(> = 0.3),绿冬青hexbin (> = 1.27), rmarkdown
链接
建议 ChIPexoQualExample(> = 0.99.1)knitr (> = 1.10),BiocStyletestthat gridExtra (> = 2.2)
SystemRequirements
增强了
URL https:github.com/keleslab/ChIPexoQual
BugReports https://github.com/welch16/ChIPexoQual/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 ChIPexoQual_1.24.0.tar.gz
Windows二进制 ChIPexoQual_1.24.0.zip
macOS二进制(x86_64) ChIPexoQual_1.24.0.tgz
macOS二进制(arm64) ChIPexoQual_1.23.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ChIPexoQual
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ChIPexoQual
Bioc包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/ChIPexoQual/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/ChIPexoQual/
包下载报告 下载数据

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