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- ChIPexoQual
ChIPexoQual
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DOI:10.18129 / B9.bioc.ChIPexoQual
ChIPexoQual
Bioconductor版本:版本(3.17)
包的质量控制管道ChIP-exo /关系数据。
作者:雷内·韦尔奇,东峻涌Sunduz凯尔
维护人员:雷内·韦尔奇韦尔奇< stat.wisc.edu >
从内部引用(R,回车引用(“ChIPexoQual”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ChIPexoQual”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“ChIPexoQual”)
| HTML | R脚本 | 装饰图案的标题 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 对齐,ChIPSeq,报道,质量控制,测序,软件,转录,可视化 |
| 版本 | 1.24.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.5 (r - 3.4)(6年) |
| 许可证 | GPL (> = 2) |
| 取决于 | R (> = 3.5.0),GenomicAlignments(> = 1.0.1) |
| 进口 | 方法,跑龙套,GenomeInfoDb统计数据,BiocParallel,GenomicRanges(> = 1.14.4)ggplot2(> = 1.0),数据。表(> = 1.9.6),Rsamtools(> = 1.16.1),IRanges(> = 1.6),S4Vectors(> = 0.8),biovizBase(> = 1.18),扫帚(> = 0.4),RColorBrewer (> = 1.1), dplyr(> = 0.5),天平(> = 0.4.0),(> = 0.3),绿冬青hexbin (> = 1.27), rmarkdown |
| 链接 | |
| 建议 | ChIPexoQualExample(> = 0.99.1)knitr (> = 1.10),BiocStyletestthat gridExtra (> = 2.2) |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https:github.com/keleslab/ChIPexoQual |
| BugReports | https://github.com/welch16/ChIPexoQual/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | ChIPexoQual_1.24.0.tar.gz |
| Windows二进制 | ChIPexoQual_1.24.0.zip |
| macOS二进制(x86_64) | ChIPexoQual_1.24.0.tgz |
| macOS二进制(arm64) | ChIPexoQual_1.23.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ChIPexoQual |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ChIPexoQual |
| Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/ChIPexoQual/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/ChIPexoQual/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
