ChIPanalyser

DOI:10.18129 / B9.bioc.ChIPanalyser

芯片分析仪:预测转录因子结合位点

Bioconductor版本:发行版(3.16)

chipanalyzer是一个利用统计热力学模型来预测和理解TF结合的程序包。该模型包含了4个被认为驱动TF结合的主要因素:染色质状态、结合能、结合分子数和调节TF结合亲和力的比例因子。总的来说，ChIPanalyser生成的ChIP-like profile与真实ChIP-seq数据中的模式非常相似。

作者:Patrick C.N.Martin & Nicolae Radu Zabet

维护:Patrick C.N. Martin

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" chipanalyzer ")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“ChIPanalyser”)

PDF	R脚本	芯片分析器用户指南
PDF	R脚本	遗传算法芯片分析器用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，BiologicalQuestion，ChIPSeq，ChipOnChip，报道，DataImport，PeakDetection，SequenceMatching，测序，软件，转录，WorkflowStep
版本	1.20.0
在Bioconductor公司	BioC 3.6 (R-3.4)(5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.5.0)，GenomicRanges，Biostrings，BSgenome，RcppRoll、并行
进口	方法,IRanges，S4Vectors， grDevices，图形，统计，效用，rtracklayer，ROCR，BiocManager，GenomeInfoDb，RColorBrewer
链接
建议	BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm6，knitr，RUnit，BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	ChIPanalyser_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	ChIPanalyser_1.20.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	ChIPanalyser_1.20.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	ChIPanalyser_1.20.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/ChIPanalyser
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ chipanalyzer
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ChIPanalyser/
软件包下载报告	下载数据