ChIPQC

DOI:10.18129 / B9.bioc.ChIPQC

ChIPseq数据的质量度量

Bioconductor版本:发行版(3.16)

ChIPseq数据的质量度量。

作者:汤姆·卡罗尔,刘伟,伊内斯·德·圣地亚哥,罗里·斯塔克

维护者:Tom Carroll , Rory Stark < Rory。Stark在cruk.cam.ac.uk>

引文(从R内,输入引用(“ChIPQC”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("ChIPQC")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“ChIPQC”)

PDF R脚本 与ChIPQC一起评估ChIP-seq样品质量
PDF ChIPQCSampleReport.pdf
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews ChIPSeq质量控制ReportWriting测序软件
版本 1.34.0
在Bioconductor BioC 2.14 (R-3.1)(8.5年)
许可证 GPL (>= 3)
取决于 R (>= 3.5.0),ggplot2DiffBindGenomicRanges(> = 1.17.19),BiocParallel
进口 BiocGenerics(> = 0.11.3),S4Vectors(> = 0.1.0),IRanges(> = 1.99.17),Rsamtools(> = 1.17.28),GenomicAlignments(> = 1.1.16),chipseq(> = 1.12.0),gtools、方法、reshape2喷嘴。R1Biobase, grDevices, stats, utils,GenomicFeaturesTxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGeneTxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGeneTxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGeneTxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGeneTxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn4.ensGeneTxDb.Celegans.UCSC.ce6.ensGeneTxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene
链接
建议 BiocStyle
SystemRequirements
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 ChIPQC_1.34.0.tar.gz
Windows二进制 ChIPQC_1.34.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) ChIPQC_1.34.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) ChIPQC_1.33.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ChIPQC
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ChIPQC
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/ChIPQC/
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