别致的

DOI:10.18129 / B9.bioc.ChIC

质量控制管道ChIP-Seq数据

Bioconductor版本:版本(3.17)

质量控制(QC)管道ChIP-seq数据使用一组全面的质量控制指标,包括此前提出的指标以及小说的,基于局部特征的浓缩。包提供函数来计算一组质量控制指标,与参考价值和机器学习纲要样品质量评价模型。

作者:卡门·玛丽亚Livi

维护人员:卡门·玛丽亚Livi <卡门。在external.ifom.eu livi >

从内部引用(R,回车引用(“时髦”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“别致”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“时髦”)

PDF R脚本 别致的
PDF 参考手册

细节

biocViews ChIPSeq,质量控制,软件
版本 1.19.0
Bioconductor自 BioC 3.7 (r - 3.5)(5年)
许可证 GPL-2
取决于 spp, R (> = 3.6)
进口 ChIC.data(> = 1.11.1)caTools、方法GenomicRanges,IRanges、并行、进步、randomForest、插入符号grDevices,统计,跑龙套,图形,S4Vectors,BiocGenerics,genomeIntervals,Rsamtools
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 ChIC_1.19.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ChIC
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/别致
Bioc包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/ChIC/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/ChIC/
包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请阅读发布指南。文章质疑Bioconductor到以下位置:

  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网