CelliD

DOI:10.18129 / B9.bioc.CelliD

利用多重对应分析无偏提取单细胞基因签名

Bioconductor版本:发行版(3.16)

CelliD是一种无聚类的多元统计方法，用于从单细胞RNA-seq中稳健提取每个细胞的基因签名。CelliD允许在不同的供体、起源组织、模型生物和单细胞组学协议之间进行无偏倚的细胞身份识别。该包也可用于探索单细胞数据中的功能通路富集。

作者:Akira Cortal [aut, cre]， Antonio Rausell [aut, ctb]

维护者:Akira Cortal < Akira。Cortal在institutimagine.org>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

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文档

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browseVignettes(“CelliD”)

超文本标记语言	R脚本	CelliD装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	ATACSeq，聚类，DimensionReduction，GeneExpression，GeneSetEnrichment，RNASeq，SingleCell，软件
版本	1.6.2
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (>= 4.1)，修拉(> = 4.0.1),SingleCellExperiment
进口	Rcpp，RcppArmadillo，统计，utils，矩阵，发出滴答声，嘘，stringr，irlba，data.table，胶水，pbapply，umap，Rtsne，网状，fastmatch，matrixStats，ggplot2，BiocParallel，SummarizedExperiment，fgsea
链接	Rcpp，RcppArmadillo
建议	knitr，rmarkdown，BiocStyle，testthat，tidyverse，ggpubr，命运，ggrepel
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	CelliD_1.6.2.tar.gz
Windows二进制	CelliD_1.6.2.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	CelliD_1.6.2.tgz
macOS二进制文件(arm64)	CelliD_1.6.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CelliD
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CelliD
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/CelliD/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CelliD/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.16的旧源包	源存档