CellTrails

DOI:10.18129 / B9.bioc.CellTrails

重建、可视化和分析分支轨迹

Bioconductor版本:版本(3.17)

CellTrails是新创的无监督算法按时间排序,单细胞表达数据的可视化和分析。CellTrails利用几何的低维流形学习动机的概念,展示大量的美德,抵消内在的声音单细胞数据造成的辍学生,技术变化,预测变量的冗余。CellTrails使分支轨迹和重建提供了一个直观的图形表示形式表达模式同时沿着所有分支。它允许用户定义和推断出个体的表达动态和多个通路对不同的表型。

作者:丹尼尔Ellwanger (cre, aut cph]

维护人员:丹尼尔Ellwanger < dc.ellwanger.dev gmail.com >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“CellTrails”)

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PDF	R脚本	CellTrails:重建、可视化和分析分支轨迹从单细胞表达数据
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细节

biocViews	聚类,DataRepresentation,DifferentialExpression,DimensionReduction,GeneExpression,ImmunoOncology,测序,SingleCell,软件,TimeCourse
版本	1.18.0
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(4.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5),SingleCellExperiment
进口	BiocGenerics,Biobase,cba dendextend dtw、EnvStats ggplot2, ggrepel, grDevices, igraph, maptree,方法,mgcv, reshape2, Rtsne,统计,样条函数,SummarizedExperiment,跑龙套
链接
建议	AnnotationDbi,命运RUnit,嘘,食物knitr,org.Mm.eg.db,rmarkdown
SystemRequirements
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包档案

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源包	CellTrails_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	CellTrails_1.18.0.zip
macOS二进制(x86_64)	CellTrails_1.18.0.tgz
macOS二进制(arm64)	CellTrails_1.18.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CellTrails
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CellTrails
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/CellTrails/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CellTrails/
包下载报告	下载数据