CNViz

DOI:10.18129 / B9.bioc.CNViz

拷贝数可视化

Bioconductor版本:发行版(3.16)

CNViz采用探针、基因和片段级别的log2拷贝数比率，并启动一个Shiny应用程序来可视化样本的拷贝数配置文件。你也可以整合杂合性损失(LOH)和单核苷酸变异(SNV)数据。

作者:丽贝卡·格林布拉特[aut, cre]

维护者:Rebecca Greenblatt < Rebecca。格林布拉特在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“CNViz”)

超文本标记语言	R脚本	CNViz
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation,DNASeq,测序,软件,可视化
版本	1.6.0
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.0)，闪亮的(> = 1.5.0)
进口	dplyr，统计，utils, grDevices，情节,karyoploteR,CopyNumberPlots,GenomicRanges,magrittr,DT,尺度、图形
链接
建议	rmarkdown,knitr
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	CNViz_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	CNViz_1.6.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	CNViz_1.6.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	CNViz_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CNViz
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CNViz
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/CNViz/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CNViz/
软件包下载报告	下载数据