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CNVgears
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DOI:10.18129 / B9.bioc.CNVgears
一种组合、分析和解释CNVs调用结果的函数框架
Bioconductor版本:发行版(3.16)
该包包含一组函数，以集成的方式对cnv执行多种类型的处理和分析，调用管道/算法结果，而不考虑原始数据类型(snp数组或NGS)。它提供了将多个CNV调用结果组合到单个对象、过滤它们、计算CNVRs (CNV区域)和继承模式、检测基因负载等功能。该软件包最适合人类家庭队列研究。
作者:Simone Montalbano [cre, aut]
维护者:Simone Montalbano < Simone。Montalbano在protonmail.com>
引文(从R内，输入引用(“CNVgears”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“CNVgears”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | CNVgears包 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 预处理，软件，WorkflowStep |
| 版本 | 1.6.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | R (>= 4.1)，data.table |
| 进口 | ggplot2 |
| 链接 | |
| 建议 | VariantAnnotation，DelayedArray，knitr，biomaRt，evobiR，rmarkdown，devtools，cowplot，usethis，尺度，testthat，GenomicRanges，cn.mops，R.utils |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| BugReports | https://github.com/SinomeM/CNVgears/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | CNVgears_1.6.0.tar.gz |
| Windows二进制 | CNVgears_1.6.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | CNVgears_1.6.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | CNVgears_1.6.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CNVgears |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CNVgears |
| 生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/CNVgears/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/CNVgears/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
