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CNVfilteR
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DOI:10.18129 / B9.bioc.CNVfilteR
通过SNV呼叫识别CNV呼叫工具的误报
Bioconductor版本:发行版(3.16)
CNVfilteR识别那些可以通过使用通常在普通NGS管道中获得的单核苷酸变体(SNV)调用来丢弃的cnv。
作者:Jose Marcos Moreno-Cabrera [aut, cre]
，贝尔纳特·盖尔[au]
维护者:Jose Marcos Moreno-Cabrera
引文(从R内，输入引用(“CNVfilteR”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“CNVfilteR”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | CNVfilteR装饰图案 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | CopyNumberVariation，DNASeq，DataImport，测序，软件，可视化 |
| 版本 | 1.12.1 |
| 在Bioconductor | BioC 3.10 (R-3.6)(3年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R (>= 4.1) |
| 进口 | IRanges，GenomicRanges，SummarizedExperiment，pracma，地区，为了，karyoploteR，CopyNumberPlots，图形，utils，VariantAnnotation，Rsamtools，GenomeInfoDb，Biostrings、方法 |
| 链接 | |
| 建议 | knitr，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked，rmarkdown |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/jpuntomarcos/CNVfilteR |
| BugReports | https://github.com/jpuntomarcos/CNVfilteR/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | CNVfilteR_1.12.1.tar.gz |
| Windows二进制 | CNVfilteR_1.12.1.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | CNVfilteR_1.12.1.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | CNVfilteR_1.12.1.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CNVfilteR |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CNVfilteR |
| 生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/CNVfilteR/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/CNVfilteR/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
| BioC 3.16的旧源包 | 源存档 |
