CIMICE

DOI:10.18129 / B9.bioc.CIMICE

CIMICE-R:(马尔可夫)链方法推断癌症的进化

Bioconductor版本:发行版(3.16)

CIMICE是肿瘤系统发育领域的一种工具，它的目标是建立一个马尔可夫链(称为癌症进展马尔可夫链，CPMC)，以模拟肿瘤亚型的进化。CIMICE的输入是一个突变矩阵，即一个布尔矩阵，表示样本集合中改变的基因。假设这些样本是通过单细胞DNA分析技术获得的，该工具是专门编写的，以使用这些数据的特性进行CMPC构建。

作者:Nicolò罗西[aut, cre](实验室。乌迪内大学数学、计算机科学与物理系计算生物学与生物信息学 ）

维护者:Nicolò Rossi

安装

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如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("CIMICE")

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文档

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超文本标记语言	R脚本	CIMICE-R:(马尔可夫)链方法推断癌症进化
超文本标记语言	R脚本	快速指南
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细节

biocViews	BiologicalQuestion，GraphAndNetwork，NetworkInference，系统发生学，ResearchField，SingleCell，软件，StatisticalMethod，技术
版本	1.6.0
在Bioconductor公司	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于
进口	dplyr，ggplot2，胶水，tidyr，igraph，networkD3，visNetwork，ggcorrplot，purrr，ggraph， stats, utils，maftools，为了，tidygraph，expm，矩阵
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，testthat，webshot
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/redsnic/CIMICE
BugReports	https://github.com/redsnic/CIMICE/issues
全靠我
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	CIMICE_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	CIMICE_1.6.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	CIMICE_1.6.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	CIMICE_1.5.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/CIMICE
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CIMICE
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CIMICE/
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