CBEA

DOI:10.18129 / B9.bioc.CBEA

R

Bioconductor版本:发行版(3.16)

这个包实现了CBEA，一种对微生物组相对丰度数据进行基于集合分析的方法。该方法在集合中的分类群和每个样本的剩余分类群之间构建竞争平衡。更多细节可在Nguyen等人的2021+手稿中找到。此外，该软件包还添加了支持功能，以帮助用户使用现有的基因集分析方法执行分类集富集分析。在未来，我们还希望提供策划的知识驱动的分类集。

作者:Quang Nguyen [aut, cre]

维护人员:Quang Nguyen

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("CBEA")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“CBEA”)

超文本标记语言	R脚本	基本用法
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DataImport，GeneSetEnrichment，宏基因组，微生物组，软件
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.2.0)
进口	BiocParallel，BiocSet，dplyr，lmom，fitdistrplus，magrittr、方法、mixtools，Rcpp(> = 1.0.7),统计数据,SummarizedExperiment，宠物猫，TreeSummarizedExperiment，tidyr，胶水，泛型，rlang，goftest
链接	Rcpp
建议	phyloseq，BiocStyle，covr，knitr，RefManageR，rmarkdown，sessioninfo，testthat(> = 3.0.0),tidyverse，roxygen2，米娅，purrr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/qpmnguyen/CBEAhttps://qpmnguyen.github.io/CBEA/
BugReports	https://github.com/qpmnguyen/CBEA//issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	CBEA_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	CBEA_1.2.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	CBEA_1.2.0.tgz
macOS二进制(arm64)	CBEA_1.1.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CBEA
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CBEA
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CBEA/
包下载报告	下载数据