狂欢节

DOI:10.18129 / B9.bioc.CARNIVAL

网络识别因果推理工具(从基因表达数据)使用整数值编程

Bioconductor版本:版本(3.16)

升级因果推理工具从R中的米拉等更新作业TFs的重量从后代的分数。可以自由调整优化参数,可以获得多个解决方案和聚合。

作者:Enio Gjerga (aut)刘,Panuwat Trairatphisan (aut),阿尼卡[所有],阿尔贝托Valdeolivas[所有],尼古拉·佩斯克斯证伪这[所有],Aurelien Dugourd[所有],阿提拉伽柏(cre),奥尔加伊万诺娃(aut)

维护人员:<匈奴王阿提拉伽柏。伽柏在uni-heidelberg.de >

从内部引用(R,回车引用(“狂欢节”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“狂欢节”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“狂欢节”)

HTML R脚本 中将大规模信号网络与狂欢节表达式的足迹
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细节

biocViews GeneExpression,网络,软件,转录组
版本 2.8.0
Bioconductor自 BioC 3.11 (r - 4.0)(2.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (> = 4.0)
进口 readr,stringr,lpSolve,igraph,dplyr,宠物猫,tidyr,rjson,rmarkdown
链接
建议 RefManageR,BiocStyle,covr,knitr,testthat(> = 3.0.0),sessioninfo
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/saezlab/CARNIVAL
BugReports https://github.com/saezlab/CARNIVAL/issues
取决于我
进口我 cosmosR
建议我 dce
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 CARNIVAL_2.8.0.tar.gz
Windows二进制 CARNIVAL_2.8.0.zip
macOS二进制(x86_64) CARNIVAL_2.8.0.tgz
macOS二进制(arm64) CARNIVAL_2.8.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CARNIVAL
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/狂欢节
Bioc包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/CARNIVAL/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/CARNIVAL/
包下载报告 下载数据

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