篮球选手

DOI:10.18129 / B9.bioc.CAGEr

对CAGE (Cap Analysis of Gene Expression)测序数据进行分析，以精确定位转录起始位点和启动子组挖掘

Bioconductor版本:发行版(3.16)

CAGE测序数据的预处理，转录起始位点的鉴定和归一化，转录起始位点簇(启动子)的下游分析。

作者:Vanja Haberle [aut]， Charles Plessy [cre]， Damir Baranasic [ctb]， Sarvesh Nikumbh [ctb]

维护者:查尔斯·普莱西<查尔斯。普莱西在oist.jp >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("CAGEr")

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文档

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超文本标记语言	R脚本	CAGEr:一个用于CAGE数据分析和启动子组挖掘的R包
超文本标记语言	R脚本	使用CAGEr使用CAGE资源
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文本		新闻

细节

biocViews	聚类，FunctionalGenomics，GeneExpression，归一化，预处理，测序，软件，转录，可视化
版本	测试盒框
Bioconductor自	BioC 2.12 (R-3.0)(9.5年)
许可证	GPL-3
取决于	方法,MultiAssayExperiment， r (>= 4.1.0)
进口	BiocGenerics，BiocParallel，BSgenome，data.table，DelayedArray，DelayedMatrixStats，formula.tools，GenomeInfoDb，GenomicAlignments，GenomicRanges(> = 1.37.16),ggplot2(> = 2.2.0),gtools，IRanges(> = 2.18.0),KernSmooth，memoise，plyr，Rsamtools，reshape2，rtracklayer，S4Vectors(> = 0.27.5),耶鲁大学管理学院，stringdist，stringi，SummarizedExperiment跑龙套,素食主义者，VGAM
链接
建议	BSgenome.Drerio.UCSC.danRer7，DESeq2，FANTOM3and4CAGE，BiocStyle，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我	seqPattern
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	CAGEr_2.4.0.tar.gz
Windows二进制	CAGEr_2.4.0.zip
macOS二进制(x86_64)	CAGEr_2.4.0.tgz
macOS二进制(arm64)	CAGEr_2.3.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CAGEr
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/篮球选手
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CAGEr/
包下载报告	下载数据