Biostrings
DOI:
10.18129 / B9.bioc.Biostrings
生物弦的有效操作
Bioconductor版本:Release (3.15)
内存高效的字符串容器，字符串匹配算法和其他实用程序，用于快速操作大型生物序列或序列集。
作者:H. Pagès, P. Aboyoun, R. Gentleman, S. DebRoy
维护人员:H. Pagès
引文(从R内，输入引用(“Biostrings”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“Biostrings”)
细节
| biocViews |
对齐，DataImport，DataRepresentation，遗传学，基础设施，SequenceMatching，测序，软件 |
| 版本 |
2.64.0 |
| 在Bioconductor |
BioC 1.6 (R-2.1)或更早(> 17年) |
| 许可证 |
艺术- 2.0 |
| 取决于 |
R(>= 4.0.0)，方法，BiocGenerics(> = 0.37.0),S4Vectors(> = 0.27.12),IRanges(> = 2.23.9),XVector(> = 0.29.2),GenomeInfoDb |
| 进口 |
方法，utils, grDevices，图形，统计，蜡笔 |
| 链接 |
S4Vectors，IRanges，XVector |
| 建议 |
BSgenome(> = 1.13.14),BSgenome.Celegans.UCSC.ce2(> = 1.3.11),BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3(> = 1.3.11),BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18，drosophila2probe，hgu95av2probe，hgu133aprobe，GenomicFeatures(> = 1.3.14),hgu95av2cdf，affy(> = 1.41.3),affydata(> = 1.11.5),RUnit |
| SystemRequirements |
|
| 增强了 |
Rmpi |
| URL |
//www.anjoumacpherson.com/packages/Biostrings |
| BugReports |
https://github.com/Bioconductor/Biostrings/issues |
| 全靠我 |
altcdfenvs，amplican，Basic4Cseq，大脑，BSgenome，chimeraviz，ChIPanalyser，ChIPsim，切肉刀，食典委，CRISPRseek，解读，deepSNV，FDb.FANTOM4.promoters.hg19，GeneRegionScan，generegulation，GenomicAlignments，哥特，harbChIP，HelloRanges，hiReadsProcessor，iPAC，JASPAR2014，烤肉串，MethTargetedNGS，minfi，Modstrings，MotifDb，msa，肌肉，NestLink，益生元，ORFhunteR，pd.ag，pd.aragene.1.0.st，pd.aragene.1.1.st，pd.ath1.121501，pd.barley1，pd.bovgene.1.0.st，pd.bovgene.1.1.st，pd.bovine，pd.bsubtilis，pd.cangene.1.0.st，pd.cangene.1.1.st，pd.canine，pd.canine.2，pd.celegans，pd.chicken，pd.chigene.1.0.st，pd.chigene.1.1.st，pd.chogene.2.0.st，pd.chogene.2.1.st，pd.citrus，pd.clariom.d.human，pd.clariom.s.human，pd.clariom.s.human.ht，pd.clariom.s.mouse，pd.clariom.s.mouse.ht，pd.clariom.s.rat，pd.clariom.s.rat.ht，pd.cotton，pd.cyngene.1.0.st，pd.cyngene.1.1.st，pd.cyrgene.1.0.st，pd.cyrgene.1.1.st，pd.cytogenetics.array，pd.drogene.1.0.st，pd.drogene.1.1.st，pd.drosgenome1，pd.drosophila.2，pd.e.coli.2，pd.ecoli，pd.ecoli.asv2，pd.elegene.1.0.st，pd.elegene.1.1.st，pd.equgene.1.0.st，pd.equgene.1.1.st，pd.felgene.1.0.st，pd.felgene.1.1.st，pd.fingene.1.0.st，pd.fingene.1.1.st，pd.genomewidesnp.5，pd.genomewidesnp.6，pd.guigene.1.0.st，pd.guigene.1.1.st，pd.hc.g110，pd.hg.focus，pd.hg.u133.plus.2，pd.hg.u133a，pd.hg.u133a.2，pd.hg.u133a.tag，pd.hg.u133b，pd.hg.u219，pd.hg.u95a，pd.hg.u95av2，pd.hg.u95b，pd.hg.u95c，pd.hg.u95d，pd.hg.u95e，pd.hg18.60mer.expr，pd.ht.hg.u133.plus.pm，pd.ht.hg.u133a，pd.ht.mg.430a，pd.hta.2.0，pd.hu6800，pd.huex.1.0.st.v2，pd.hugene.1.0.st.v1，pd.hugene.1.1.st.v1，pd.hugene.2.0.st，pd.hugene.2.1.st，pd.maize，pd.mapping250k.nsp，pd.mapping250k.sty，pd.mapping50k.hind240，pd.mapping50k.xba240，pd.margene.1.0.st，pd.margene.1.1.st，pd.medgene.1.0.st，pd.medgene.1.1.st，pd.medicago，pd.mg.u74a，pd.mg.u74av2，pd.mg.u74b，pd.mg.u74bv2，pd.mg.u74c，pd.mg.u74cv2，pd.mirna.1.0，pd.mirna.2.0，pd.mirna.3.0，pd.mirna.4.0，pd.moe430a，pd.moe430b，pd.moex.1.0.st.v1，pd.mogene.1.0.st.v1，pd.mogene.1.1.st.v1，pd.mogene.2.0.st，pd.mogene.2.1.st，pd.mouse430.2，pd.mouse430a.2，pd.mta.1.0，pd.mu11ksuba，pd.mu11ksubb，pd.nugo.hs1a520180，pd.nugo.mm1a520177，pd.ovigene.1.0.st，pd.ovigene.1.1.st，pd.pae.g1a，pd.plasmodium.anopheles，pd.poplar，pd.porcine，pd.porgene.1.0.st，pd.porgene.1.1.st，pd.rabgene.1.0.st，pd.rabgene.1.1.st，pd.rae230a，pd.rae230b，pd.raex.1.0.st.v1，pd.ragene.1.0.st.v1，pd.ragene.1.1.st.v1，pd.ragene.2.0.st，pd.ragene.2.1.st，pd.rat230.2，pd.rcngene.1.0.st，pd.rcngene.1.1.st，pd.rg.u34a，pd.rg.u34b，pd.rg.u34c，pd.rhegene.1.0.st，pd.rhegene.1.1.st，pd.rhesus，pd.rice，pd.rjpgene.1.0.st，pd.rjpgene.1.1.st，pd.rn.u34，pd.rta.1.0，pd.rusgene.1.0.st，pd.rusgene.1.1.st，pd.s.aureus，pd.soybean，pd.soygene.1.0.st，pd.soygene.1.1.st，pd.sugar.cane，pd.tomato，pd.u133.x3p，pd.vitis.vinifera，pd.wheat，pd.x.laevis.2，pd.x.tropicalis，pd.xenopus.laevis，pd.yeast.2，pd.yg.s98，pd.zebgene.1.0.st，pd.zebgene.1.1.st，pd.zebrafish，periodicDNA，pqsfinder，PWMEnrich，qrqc，QSutils，R453Plus1Toolbox，R4RNA，REDseq，rGADEM，RiboProfiling，rRDP，Rsamtools，RSVSim，sangeranalyseR，sangerseqR，扫描。通用产品，SELEX，seqbias，测序，ShortRead，SICtools，SimFFPE，ssviz，Structstrings，svaNUMT，systemPipeR，topdownr，TreeSummarizedExperiment，三层，VarCon |
| 进口我 |
AffyCompatible，AllelicImbalance，高山，AneuFinder，AnnotationHubData，appreci8R，ArrayExpressHTS，AssessORF，ATACseqQC，BBCAnalyzer，BCRANK，bcSeq，击败，BgeeCall，biovizBase，brainflowprobes，分歧点，BSgenome，bsseq，BUMHMM，BUSpaRse，CellaRepertorium，CellBarcode，ChIPpeakAnno，ChIPseqR，ChIPsim，chromVAR，circRNAprofiler，cleanUpdTSeq，cliProfiler，cn，CNVfilteR，cogeqc，compEpiTools，consensusDE，警戒线，crisprBase，crisprBowtie，crisprScore，CrispRVariants，customProDB，dada2，dagLogo，DAMEfinder，decompTumor2Sig，diffHic，DNAshapeR，DominoEffect，easyRNASeq，EDASeq，enhancerHomologSearch，ensembldb，ensemblVEP，EpiTxDb，esATAC，eudysbiome，EuPathDB，EventPointer，exomePeak2，FastqCleaner，FDb.InfiniumMethylation.hg18，FDb.InfiniumMethylation.hg19，火焰，GA4GHclient，gcapc，gcrma，genbankr，GeneRegionScan，GeneStructureTools，GenoGAM，genomation，GenomicAlignments，GenomicDistributions，GenomicFeatures，GenomicScores，genphen，GenVisR，ggbio，ggmsa，girafe，gmapR，gmoviz，GRaNIE，GUIDEseq，Gviz，gwascat，h5vc，的热图，HiCDCPlus，希尔达，HiTC，HTSeqGenie，icetea，idpr，IMMAN，InPAS，感兴趣，InterMineR，电离，ipdDb，IsoformSwitchAnalyzeR，KEGGREST，LinTInd，LowMACA，LymphoSeq，m6Aboost，MACPET，MADSEQ，MatrixRider，联合化疗，MEDIPS，MEDME，模因，MesKit，metaseqR2，methimpute，methylPipe，methylscaper，米娅，微生物组，microbiomeDataSets，microbiomeMarker，MicrobiotaProcess，微，MMDiff2，蒙娜丽莎，Motif2Site，motifbreakR，motifcounter，motifmatchr，motifStack，MSA2dist，MSnID，MSstatsLiP，MSstatsPTM，multicrispr，MungeSumstats，musicatk，MutationalPatterns，NanoStringNCTools，ngsReports，诊断，NxtIRFcore，oligoClasses，OmaDB，openPrimeR，ORFik，OTUbase，packFinder，pd.081229.hg18.promoter.medip.hx1，pd.2006.07.18.hg18.refseq.promoter，pd.2006.07.18.mm8.refseq.promoter，pd.2006.10.31.rn34.refseq.promoter，pd.atdschip.tiling，pd.charm.hg18.example，pd.feinberg.hg18.me.hx1，pd.feinberg.mm8.me.hx1，pd.mirna.3.1，pdInfoBuilder，PhyloProfile，PhyloProfileData，phyloseq，pipeFrame，podkat，聚酯，primirTSS，proBAMr，procoil，ProteoDisco，ProteomicsAnnotationHubData，PureCN，Pviz，qPLEXanalyzer，qrqc，qsea，QuasR，r3Cseq，ramwas，美国广播公司，Rcpi，收回，地区，regutools，REMP，Repitools，rfaRm，rGADEM，RiboCrypt，ribosomeProfilingQC，RNAmodR，RNASeqR，rprimer，Rqc，rtracklayer，衬衣，scanMiR，scanMiRApp，scmeth，范围，scoreInvHap，颈背，seqArchR，SeqArray，seqPattern，SGSeq，签名者，SigsPack，单，SingleMoleculeFootprinting，sitadela，SNPhood，soGGi，SomaticSignatures，SparseSignatures，有尖刺的，分裂，sscu，StructuralVariantAnnotation，supersigs，surfaltr，svaRetro，synapter，SynExtend，SynMut，systemPipeRdata，TAPseq，TarSeqQC，TFBSTools，石棉水泥板，trena，tRNA，tRNAdbImport，tRNAscanImport，TVTB，txcutr，tximeta，Ularcirc，UMI4Cats，universalmotif，VariantAnnotation，VariantExperiment，VariantFiltering，VariantTools，wavClusteR，XCIR，XNAString，YAPSA |
| 建议我 |
注释，AnnotationForge，AnnotationHub，bambu，强盗，BeadArrayUseCases，BiocGenerics，BRGenomics，CINdex，CSAR，eisaR，exomeCopy，GenomicFiles，GenomicRanges，GWASTools，HPiP，maftools，methrix，methylumi，海市蜃楼，mitoClone2，nuCpos，RNAmodR。AlkAnilineSeq，rpx，rSWeeP，rTRM，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20101109，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP142.GRCh37，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP149.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP150.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP151.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP155.GRCh38，spatzie，飞溅，systemPipeTools，treeio，tripr，XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37，XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh38，XVector |
| 链接到我 |
解读，烤肉串，MatrixRider，Rsamtools，ShortRead，三层，VariantAnnotation，VariantFiltering |
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