Bioconductor版本:版本(3.17)
为公司提供中央接口的各种工具分析癌症的研究。
作者:文斯凯里
维修工:VJ凯里< stvjc channing.harvard.edu >
从内部引用(R,回车引用(“BiocOncoTK”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“BiocOncoTK”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“BiocOncoTK”)
HTML | R脚本 | 为Bioconductor BiocOncoTK——面向癌症的组件 |
HTML | R脚本 | curatedMSIData概述 |
HTML | R脚本 | 映射TCGA肿瘤NCIT代码 |
参考手册 |
biocViews | CopyNumberVariation,CpGIsland,DNAMethylation,GeneExpression,GeneticVariability,ImmunoOncology,单核苷酸多态性,软件,转录 |
版本 | 1.20.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.7 (r - 3.5)(5年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R(> = 3.6.0)方法,跑龙套 |
进口 | ComplexHeatmap,S4Vectorsbigrquery闪亮,统计、httr rjson, dplyr, magrittr,网格,DT,GenomicRanges,IRangesggplot2,SummarizedExperimentDBI,GenomicFeatures,curatedTCGAData、天平、ggpubr plyr、汽车、图,Rgraphviz、质量、grDevices |
链接 | |
建议 | knitr dbplyr,org.Hs.eg.db,MultiAssayExperiment,BiocStyle,ontoProcontologyPlot,pogo,GenomeInfoDb,restfulSE(> = 1.3.7),BiocFileCache,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,Biobase,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGenereshape2 testthat,AnnotationDbi,FDb.InfiniumMethylation.hg19,EnsDb.Hsapiens.v75rmarkdown,rhdf5client,AnnotationHub |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | BiocOncoTK_1.20.0.tar.gz |
Windows二进制 | BiocOncoTK_1.20.0.zip |
macOS二进制(x86_64) | BiocOncoTK_1.20.0.tgz |
macOS二进制(arm64) | BiocOncoTK_1.19.3.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BiocOncoTK |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ BiocOncoTK |
Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/BiocOncoTK/ |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/BiocOncoTK/ |
包下载报告 | 下载数据 |