BiocOncoTK

DOI:10.18129 / B9.bioc.BiocOncoTK

Bioconductor组件一般癌症基因组学

Bioconductor版本:版本(3.17)

为公司提供中央接口的各种工具分析癌症的研究。

作者:文斯凯里

维修工:VJ凯里< stvjc channing.harvard.edu >

从内部引用(R,回车引用(“BiocOncoTK”)):

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“BiocOncoTK”)

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HTML R脚本 为Bioconductor BiocOncoTK——面向癌症的组件
HTML R脚本 curatedMSIData概述
HTML R脚本 映射TCGA肿瘤NCIT代码
PDF 参考手册

细节

biocViews CopyNumberVariation,CpGIsland,DNAMethylation,GeneExpression,GeneticVariability,ImmunoOncology,单核苷酸多态性,软件,转录
版本 1.20.0
Bioconductor自 BioC 3.7 (r - 3.5)(5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R(> = 3.6.0)方法,跑龙套
进口 ComplexHeatmap,S4Vectorsbigrquery闪亮,统计、httr rjson, dplyr, magrittr,网格,DT,GenomicRanges,IRangesggplot2,SummarizedExperimentDBI,GenomicFeatures,curatedTCGAData、天平、ggpubr plyr、汽车、,Rgraphviz、质量、grDevices
链接
建议 knitr dbplyr,org.Hs.eg.db,MultiAssayExperiment,BiocStyle,ontoProcontologyPlot,pogo,GenomeInfoDb,restfulSE(> = 1.3.7),BiocFileCache,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,Biobase,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGenereshape2 testthat,AnnotationDbi,FDb.InfiniumMethylation.hg19,EnsDb.Hsapiens.v75rmarkdown,rhdf5client,AnnotationHub
SystemRequirements
增强了
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包档案

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源包 BiocOncoTK_1.20.0.tar.gz
Windows二进制 BiocOncoTK_1.20.0.zip
macOS二进制(x86_64) BiocOncoTK_1.20.0.tgz
macOS二进制(arm64) BiocOncoTK_1.19.3.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BiocOncoTK
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ BiocOncoTK
Bioc包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/BiocOncoTK/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/BiocOncoTK/
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