删除包
从Bioconductor连同他们最后可用的登陆页面移除的软件包列表。
用Biocumon 3.13释放删除的包装
软件包:
- 适应
- ArrayTV
- BioSeqClass
- 负责
- CNVtools
- CorMut
- DESEQ.(见替代DESeq2)
- 嵌合体
- explorase
- flowFit
- fl
- flowType
- focalCall
- FourCSeq
- funcisnp.
- GenRank
- GeneticsDesign
- GGBase
- GGTools.
- 凑功能
- gQTLBase
- gQTLstats
- hicrep
- ImpulseDE
- ImpulseDE2
- joda
- JunctionSeq
- 丽
- Logolas
- mcaGUI
- metaArray
- metaseqR(见替代metaseqR2)
- methVisual
- methyvim
- Mirsynergy
- mmpalatemirna.
- 遐(见替代MOFA2)
- 图案
- NarrowPeaks
- netbenchmark
- netReg
- OGSA
- OmicsMarkeR
- pathprint.
- PathwaySplice
- PGA
- PGSEA
- 赢钱
- 普拉达
- 奖
- Rariant
- 犹太人的尊称
- Roleswitch
- rTANDEM
- Sapfinder.
- scsR
- shinyTANDEM
- sigaR
- 印
- simpleaffy
- spotSegmentation
- 斯塔尔
- SVAPLSseq
- TxRegInfra
- xps
实验数据包:
- flowfitexampledata.
- funcisnp.data.
- geuvPack
- geuvStore2
- GGdata
- mitoodedata.
- Mulder2012
- methyvimData
- pathprintgeodata.
- pcaGoPromoter.Hs.hg19
- pcagoproomoter.mm.mm9.
- pcaGoPromoter.Rn.rn4
- waveTilingData
- yriMulti
随着Bioconductor 3.12版本的发布，软件包被移除
软件包:
- 限定者
- motifRG
- triform
- CVE
- proteoQC
- affypdnn
- splicegear
- Genominator
- IdmappingAnalysis.
- IdMappingRetrieval
- 曼塔
- RefNet
- AnalysisPageServer
- scfind
- kimod
- plw
- cobindR
- LMGene
- sRAP
- gCMAP
- gCMAPWeb
- DChIPRep
- CTDquerier
- MTseeker
- readat
- anamiR
- CALIB
- cellGrowth
- Chrogps.
- DEDS
- LVSmiRNA
- mcrestimate
- nem
- Papi
- pcaGoPromoter
- 一品脱的量
- RIPSeeker
- 圣诞老人
- waveTiling
- BayesPeak
- bgafun
- 哈哈
- M3D.
- MergeMaid
- IPPD
- biosvd
- birta
- DupChecker
- FEM
- geecc
- maxcontrast分解
- MITOODE.
- 拖把
- PowerExplorer
- Vega.
实验数据包:
注释数据包:
- hom.at.inp.db.
- hom.Ce.inp.db
- hom.dm.inp.db.
- hom.dr.inp.db.
- hom.Hs.inp.db
- hom.Mm.inp.db
- hom.Rn.inp.db
- hom.Sc.inp.db
- KEGG.db(用KEGGREST代替)
- mafdb.esp6500si.v2.ssa137.hs37d5.
- mafdb.exp6500si.v2.ssa137.grch38.
随着Bioconductor 3.11发布而移除的包
软件包:
- SNPCHIP.
- 基因片
- Htsanalyzer.
- Rchemcpp
- 魅力
- PBASE.
- dSimer
- 啪嗒啪嗒地响
- exoMepeak.
- CNPBayes
- 蠕动器
- plateCore
- rhvdm.
- Sepa.
- condcomp
- birte
- mlm4omics
- RnaSeqSampleSize
- CAMTHC（更名为Debcam）
实验数据包:
注释数据包:
- MafDb.gnomADex.r2.0.1.GRCh38（用mafdb.gnomadex.r2.1.grch38替换为）
- mafdb.gnomad.r2.0.1.grch38.(取代witht MafDb.gnomAD.r2.1.GRCh38)
- MafDb.gnomADex.r2.0.1.hs37d5(换成MafDb.gnomADex.r2.1.hs37d5)
- MafDb.gnomAD.r2.0.1.hs37d5(换成MafDb.gnomAD.r2.1.hs37d5)
- mafdb.esp6500si.v2.ssa137.hs37d5.
- mafdb.exp6500si.v2.ssa137.grch38.
随着Bioconductor 3.10版本的发布，软件包被移除
软件包:
- flowQ
- Flowqb.
- Procona.
- htSeqTools
- rmat.
- TSSi
- NGScopy
- spliceSites
- SVM2CRM
- rsffreader.
- DOQTL
- miRsponge(重命名miRspongeR)
实验数据包:
随着Bioconductor 3.9版本的发布，软件包被移除
软件包:
- AmpliqueSo.
- 生物粘合剂(由BiocManager取代)
- cytofkit
- facopy
- 加乌乔人
- Geneselector.
- GoogleGenomics.
- IrisSpatialFeatures
- mqtl.nmr.
- 轻推
- pbcmc
- prot2D
- 瑞典
实验数据包:
- iontreeData
- MSBDATA.(重命名MSMB)
随着Bioconductor 3.8发布而移除的包
软件包:
实验数据包:
用Biocumon 3.7释放删除的包装
软件包:
注释数据包:
用Biocumon 3.6释放删除了包装
软件包:
实验数据包：
随着Bioconductor 3.5版本的发布，软件包被移除
软件包:
实验数据包：
注释包：
- gahgu133a.db.
- gahgu133acdf
- gahgu133aprobe
- gahgu133b.db.
- gahgu133bcdf
- gahgu133bprobe
- gahgu133plus2.db.
- gahgu133plus2cdf
- gahgu133plus2probe
- gahgu95av2.db
- gahgu95av2cdf
- gahgu95av2probe
- gahgu95b.db
- gahgu95bcdf
- gahgu95bprobe.
- gahgu95c.db
- gahgu95ccdf
- gahgu95cprobe
- gahgu95d.db
- gahgu95dcdf
- gahgu95dprobe
- gahgu95e.db
- gahgu95ecdf
- gahgu95eprobe
- illuminahumanmethylation450k.db.
- org.Sco.eg.db.html
- org.Tgondii.eg.db
9软件包和1个实验数据包被标记为弃用，在下一个版本中被删除。
随着Bioconductor 3.4版本的发布，软件包被移除
软件包:
- AffyTiling
- 细胞
- DASiR
- DAVIDQuery
- GenoView
- inSilicoDb
- inSilicoMerging
- jmosaic
- metaX
- MMDiff
- neaGUI
- 罗克萨
- RWebServices
- SJava
- SomaticCA
- 铲
实验数据包：
1个软件包和2个实验数据包被标记为deprecated，将在下一个版本中移除。
随着Bioconductor 3.3版本的发布，软件包被移除
这个版本没有删除任何包。17包被标记为已弃用，在下一版本中被删除。
随着Bioconductor 3.2发布而移除的包
这个版本没有删除任何包。
