BiocIO

DOI:10.18129 / B9.bioc.BiocIO

标准输入和输出Bioconductor包

Bioconductor版本:版本(3.17)

“BiocIO”包包含高层抽象类和仿制药开发人员可以构建使用IO funcionality Bioconductor套房内包。bob电竞体育官网实现import()和export()的标准泛型的生物数据格式导入和导出。进口()的支持整个文件以及chunk-wise迭代导入。进口()的接口(可选)提供了一个标准的机制来访问“懒惰”通过“过滤()”(行或元素组件文件的资源),“select ()”(column-like组件文件的资源)和“收集()”。进口()的界面可选提供透明的远程访问(例如通过https)以及本地访问。bob电竞体育官网开发人员可以注册一个文件扩展名,如“。织机的调度从基于字符的特定uri的进口()' / '出口()的方法基于类表示文件类型,例如,“LoomFile ()”。

作者:马丁•摩根(aut)迈克尔•劳伦斯(aut)丹尼尔·范Twisk (aut),马塞尔•拉莫斯(cre)

维护人员:马塞尔·拉莫斯<烫发。拉莫斯在roswellpark.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“BiocIO”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“BiocIO”)

HTML	R脚本	BiocIO
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释,DataImport,软件
版本	1.10.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	安装R (> = 4.3.0)
进口	BiocGenerics,S4Vectors、方法、工具
链接
建议	testthat、knitr rmarkdown,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/Bioconductor/BiocIO/issues
取决于我	HelloRanges,LoomExperiment
进口我	BiocSet,extraChIPs,GenomicFeatures,HiCExperiment,HiContacts,HiCool,rtracklayer,TENxIO
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	BiocIO_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	BiocIO_1.10.0.zip
macOS二进制(x86_64)	BiocIO_1.10.0.tgz
macOS二进制(arm64)	BiocIO_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BiocIO
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ BiocIO
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/BiocIO/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BiocIO/
包下载报告	下载数据