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BindingSiteFinder
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DOI:10.18129 / B9.bioc.BindingSiteFinder
基于iCLIP数据的绑定站点定义
Bioconductor版本:发行版(3.16)
精确了解rna结合蛋白(RBP)的结合位点是理解(后)转录调控过程的关键。在这里，我们提出一个工作流，描述如何从iCLIP数据定义精确的绑定位点。该包提供了绑定站点定义和结果可视化的函数。详情请参见小插图。
作者:Mirko Brüggemann [aut, cre]
，凯西·扎纳克[au]
维护者:Mirko Brüggemann < Mirko。Brueggemann在mail.de>
引文(从R内，输入引用(“BindingSiteFinder”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("BindingSiteFinder")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“BindingSiteFinder”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | 从iCLIP信号定义结合位点 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 报道，DataImport，FunctionalGenomics，GeneExpression，GeneRegulation，测序，软件 |
| 版本 | 1.4.0 |
| 在Bioconductor | bio3.14 (R-4.1)(1年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | GenomicRanges， r (>= 4.2) |
| 进口 | tidyr，宠物猫，dplyr，plyr，matrixStats统计数据,ggplot2、方法、rtracklayer，S4Vectors，ggforce，GenomeInfoDb，Gviz |
| 链接 | |
| 建议 | testthat，BiocStyle，knitr，rmarkdown，GenomicAlignments，ComplexHeatmap，forcats，尺度 |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| BugReports | https://github.com/ZarnackGroup/BindingSiteFinder/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | BindingSiteFinder_1.4.0.tar.gz |
| Windows二进制 | BindingSiteFinder_1.4.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | BindingSiteFinder_1.4.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | BindingSiteFinder_1.3.8.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BindingSiteFinder |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BindingSiteFinder |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/BindingSiteFinder/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
