BiRewire

DOI:10.18129 / B9.bioc.BiRewire

用于二部图(或二进制事件矩阵)、无向和有向符号图保持度分布(或边际总数)的随机化的高性能例程

Bioconductor版本:发行版(3.16)

通过N个连续交换步骤(参见参考文献)进行两部分网络重布线的快速函数，以及为了最大限度地提高与原始网络的差异而执行的最小交换步骤数的计算。包括用于跨切换步骤和其他几个例程分析引入的随机性的函数，以分析结果网络及其自然投影。还提供了对无向网络和有向签名网络的扩展。从版本1.9.7开始，实现了更精确的边界(特别是对于小型网络)。从2.2.0版本开始，分析例程更加完整，并且实现了底层马尔可夫链的可视化监控。从3.6.0开始，库也可以处理NA的矩阵(不用于有向符号图)。从3.27.1版本开始，可以为dsg生成添加一个约束:通常不接受两个节点之间的正弧和负弧。

作者:Andrea Gobbi [aut]， Francesco Iorio [aut]， Giuseppe Jurman [cbt]， Davide Albanese [cbt]， Julio Saez-Rodriguez [cbt]。

维护者:Andrea Gobbi < Gobbi。Andrea在mail.com>上报道

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“BiRewire”)

PDF	R脚本	BiRewire
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	网络，软件
版本	3.30.0
在Bioconductor	BioC 2.13 (R-3.0)(9年)
许可证	GPL-3
取决于	igraph，大满贯，Rtsne，矩阵
进口
链接
建议	RUnit，BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.ebi.ac.uk/~iorio/BiRewire
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	BiRewire_3.30.0.tar.gz
Windows二进制	BiRewire_3.30.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	BiRewire_3.30.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	BiRewire_3.29.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BiRewire
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BiRewire
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BiRewire/
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