BUScorrect

DOI:10.18129 / B9.bioc.BUScorrect

批处理影响校正与未知的亚型

Bioconductor版本:版本(3.17)

高通量实验数据积累指数在公共数据库。然而,从这些丰富的资源挖掘有效的科学发现是受到技术工件和固有的生物学异质性。前者通常称为“批处理效果,而后者往往是模仿的“类型”。The R package BUScorrect fits a Bayesian hierarchical model, the Batch-effects-correction-with-Unknown-Subtypes model (BUS), to correct batch effects in the presence of unknown subtypes. BUS is capable of (a) correcting batch effects explicitly, (b) grouping samples that share similar characteristics into subtypes, (c) identifying features that distinguish subtypes, and (d) enjoying a linear-order computation complexity.

作者:象屿罗< xyluo1991 gmail.com >,迎迎魏< yweicuhk gmail.com >

维护人员:象屿罗< xyluo1991 gmail.com >

从内部引用(R,回车引用(“BUScorrect”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“BUScorrect”)

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文档

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PDF R脚本 BUScorrect_user_guide
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews BatchEffect,贝叶斯,聚类,FeatureExtraction,GeneExpression,软件,StatisticalMethod
版本 1.18.0
Bioconductor自 BioC 3.8 (r - 3.5)(4.5年)
许可证 GPL (> = 2)
取决于 R (> = 3.5.0)
进口 gplots、方法grDevices,统计数据,SummarizedExperiment
链接
建议 BiocStyleknitr RUnit,BiocGenerics
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 BUScorrect_1.18.0.tar.gz
Windows二进制 BUScorrect_1.18.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64) BUScorrect_1.18.0.tgz
macOS二进制(arm64) BUScorrect_1.18.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BUScorrect
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ BUScorrect
Bioc包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/BUScorrect/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/BUScorrect/
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