BSGENOME

doi：10.18129/b9.bioc.basgenome

软件基础架构可有效表示完整基因组及其SNP

生物导体版本：版本（3.15）

所有基于生物创的基因组数据包共享的基础架构。

作者：HervéPagès

维护者：h.pagès

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ BSGENOME”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ BSGENOME”）

PDF	R脚本	使用生物弦和BSGENOME数据包进行有效的基因组搜索
PDF	R脚本	如何伪造BSGENOME数据包
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	注解，，，，datarepresentation，，，，遗传学，，，，基础设施，，，，SNP，，，，测序，，，，软件
版本	1.64.0
在生物导体中	Bioc 1.9（R-2.4）（16年）
执照	艺术2.0
要看	R（> = 2.8.0），方法，生物基因（> = 0.13.8），S4VECTORS（> = 0.17.28），iranges（> = 2.13.16），GenomeInfodB（> = 1.25.6），基因组机（> = 1.31.10），生物弦（> = 2.47.6），rtracklayer（> = 1.39.7）
进口	方法，utils，stats，矩阵，，，，生物基因，，，，S4VECTORS，，，，iranges，，，，xvector（> = 0.29.3），GenomeInfodB，，，，基因组机，，，，生物弦，，，，rsamtools，，，，rtracklayer
链接
建议	生物管理器，，，，生物酶，，，，bsgenome.celegans.ucsc.ce2，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg38，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg38.masked，，，，bsgenome.mmusculus.ucsc.mm10，，，，bsgenome.rnorvegicus.ucsc.rn5，，，，BSGENOME.SCEREVISIAE.UCSC.SACCER1，，，，bsgenome.hsapiens.ncbi.grch38，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg38.nown，，，，txdb.mmusculus.ucsc.mm10.nowngene，，，，snplocs.hsapiens.dbsnp144.grch38，，，，xtrasnplocs.hsapiens.dbsnp144.grch38，，，，HGU95AV2Probe，，，，运行
系统要求
增强
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/bsgenome
BugReports	https://github.com/bioconductor/bsgenome/issues
取决于我	注解，，，，小班夫，，，，bsgenome.alyrata.jgi.v1，，，，bsgenome.amellifera.beebase.sembly4，，，，bsgenome.amellifera.ncbi.amelhav3.1，，，，bsgenome.amellifera.ucsc.apimel2，，，，bsgenome.amellifera.ucsc.apimel2.masked，，，，bsgenome.aofficinalis.ncbi.v1，，，，bsgenome.Athaliana.tair.04232008，，，，bsgenome.Athaliana.tair.tair9，，，，bsgenome.btaurus.ucsc.bostau3，，，，bsgenome.btaurus.ucsc.bostau3.masked，，，，bsgenome.btaurus.ucsc.bostau4，，，，bsgenome.btaurus.ucsc.bostau4.masked，，，，bsgenome.btaurus.ucsc.bostau6，，，，bsgenome.btaurus.ucsc.bostau6.masked，，，，bsgenome.btaurus.ucsc.bostau8，，，，bsgenome.btaurus.ucsc.bostau9，，，，bsgenome.btaurus.ucsc.bostau9.masked，，，，bsgenome.carietinum.ncbi.v1，，，，bsgenome.celegans.ucsc.ce10，，，，bsgenome.celegans.ucsc.ce11，，，，bsgenome.celegans.ucsc.ce2，，，，bsgenome.celegans.ucsc.ce6，，，，bsgenome.cfamiliaris.ucsc.canfam2，，，，bsgenome.cfamiliaris.ucsc.canfam2.masked，，，，bsgenome.cfamiliaris.ucsc.canfam3，，，，bsgenome.cfamiliaris.ucsc.canfam3.masked，，，，BSGENOME.CJACCHUS.UCSC.CALJAC3，，，，BSGENOME.CJACCHUS.UCSC.CALJAC4，，，，bsgenome.cneoformansvargrubiikn99.ncbi.asm221672v1，，，，bsgenome.creinhardtii.jgi.v5.6，，，，bsgenome.dmelanogaster.ucsc.dm2，，，，bsgenome.dmelanogaster.ucsc.dm2.masked，，，，bsgenome.dmelanogaster.ucsc.dm3，，，，bsgenome.dmelanogaster.ucsc.dm3.masked，，，，bsgenome.dmelanogaster.ucsc.dm6，，，，BSGENOME.DRERIO.UCSC.DANRER10，，，，bsgenome.drerio.ucsc.danrer11，，，，BSGENOME.DRERIO.UCSC.DANRER5，，，，bsgenome.drerio.ucsc.danrer5.masked，，，，BSGENOME.DRERIO.UCSC.DANRER6，，，，bsgenome.drerio.ucsc.danrer6.masked，，，，BSGENOME.DRERIO.UCSC.DANRER7，，，，bsgenome.drerio.ucsc.danrer7.masked，，，，bsgenome.dvirilis.ensembl.dvircaf1，，，，bsgenome.ecoli.ncbi.20080805，，，，bsgenome.gaculeatus.ucsc.gasacu1，，，，bsgenome.gaculeatus.ucsc.gasacu1.masked，，，，bsgenome.ggallus.ucsc.galgal3，，，，bsgenome.ggallus.ucsc.galgal3.masked，，，，bsgenome.ggallus.ucsc.galgal4，，，，bsgenome.ggallus.ucsc.galgal4.masked，，，，bsgenome.ggallus.ucsc.galgal5，，，，bsgenome.ggallus.ucsc.galgal6，，，，bsgenome.gmax.ncbi.gmv40，，，，bsgenome.hsapiens.1000genomes.hs37d5，，，，bsgenome.hsapiens.ncbi.grch38，，，，bsgenome.hsapiens.ncbi.t2t.chm13v2.0，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg17，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg17.masked，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg18，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg18.masked，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19.masked，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg38，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg38.dbsnp151.major，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg38.dbsnp151.minor，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg38.masked，，，，bsgenome.mdomestica.ucsc.mondom5，，，，bsgenome.mfascicularis.ncbi.5.0，，，，bsgenome.mfascicularis.ncbi.6.0，，，，bsgenome.mfuro.ucsc.musfur1，，，，BSGENOME.MMULATTA.UCSC.RHEMAC10，，，，BSGENOME.MMULATTA.UCSC.RHEMAC2，，，，BSGENOME.MMULATTA.UCSC.RHEMAC2.MASKED，，，，BSGENOME.MMULATTA.UCSC.RHEMAC3，，，，bsgenome.mmulatta.ucsc.rhemac3.masked，，，，BSGENOME.MMULATTA.UCSC.RHEMAC8，，，，bsgenome.mmusculus.ucsc.mm10，，，，bsgenome.mmusculus.ucsc.mm10.masked，，，，bsgenome.mmusculus.ucsc.mm39，，，，bsgenome.mmusculus.ucsc.mm8，，，，bsgenome.mmusculus.ucsc.mm8.masked，，，，bsgenome.mmusculus.ucsc.mm9，，，，bsgenome.mmusculus.ucsc.mm9.masked，，，，bsgenome.osativa.msu.msu7，，，，bsgenome.ppaniscus.ucsc.panpan1，，，，bsgenome.ppaniscus.ucsc.panpan2，，，，bsgenome.ptroglodytes.ucsc.pantro2，，，，bsgenome.ptroglodytes.ucsc.pantro2.masked，，，，bsgenome.ptroglodytes.ucsc.pantro3，，，，bsgenome.ptroglodytes.ucsc.pantro3.masked，，，，bsgenome.ptroglodytes.ucsc.pantro5，，，，bsgenome.ptroglodytes.ucsc.pantro6，，，，bsgenome.rnorvegicus.ucsc.rn4，，，，bsgenome.rnorvegicus.ucsc.rn4.masked，，，，bsgenome.rnorvegicus.ucsc.rn5，，，，bsgenome.rnorvegicus.ucsc.rn5.masked，，，，bsgenome.rnorvegicus.ucsc.rn6，，，，BSGENOME.RNORVEGICUS.UCSC.RN7，，，，BSGENOME.SCEREVISIAE.UCSC.SACCER1，，，，BSGENOME.SCEREVISIAE.UCSC.SACCER2，，，，BSGENOME.SCEREVISIAE.UCSC.SACCER3，，，，BSGENOME.SSCROFA.UCSC.SUSSCR11，，，，BSGENOME.SSCROFA.UCSC.SUSSCR3，，，，bsgenome.sscrofa.ucsc.susscr3.masked，，，，bsgenome.tgondii.toxodb.7.0，，，，bsgenome.tguttata.ucsc.taegut1，，，，bsgenome.tguttata.ucsc.taegut1.masked，，，，bsgenome.tguttata.ucsc.taegut2，，，，bsgenome.vvinifera.urgi.iggp12xv0，，，，bsgenome.vvinifera.urgi.iggp12xv2，，，，bsgenome.vvinifera.urgi.iggp8x，，，，chipanalyser，，，，哥特，，，，Helloranges，，，，Leebamviews，，，，Medips，，，，周期性，，，，redseq，，，，rgadem，，，，snplocs.hsapiens.dbsnp.20120608，，，，snplocs.hsapiens.dbsnp141.grch38，，，，snplocs.hsapiens.dbsnp142.grch37，，，，snplocs.hsapiens.dbsnp144.grch37，，，，snplocs.hsapiens.dbsnp144.grch38，，，，snplocs.hsapiens.dbsnp149.grch38，，，，snplocs.hsapiens.dbsnp150.grch38，，，，snplocs.hsapiens.dbsnp151.grch38，，，，snplocs.hsapiens.dbsnp155.grch38，，，，varcon，，，，xtrasnplocs.hsapiens.dbsnp141.grch38，，，，xtrasnplocs.hsapiens.dbsnp144.grch37，，，，xtrasnplocs.hsapiens.dbsnp144.grch38
进口我	等位基因平衡，，，，感谢，，，，atacseqqc，，，，ATSNP，，，，打，，，，bsgenome.alyrata.jgi.v1，，，，bsgenome.amellifera.beebase.sembly4，，，，bsgenome.amellifera.ncbi.amelhav3.1，，，，bsgenome.amellifera.ucsc.apimel2，，，，bsgenome.amellifera.ucsc.apimel2.masked，，，，bsgenome.aofficinalis.ncbi.v1，，，，bsgenome.Athaliana.tair.04232008，，，，bsgenome.Athaliana.tair.tair9，，，，bsgenome.btaurus.ucsc.bostau3，，，，bsgenome.btaurus.ucsc.bostau3.masked，，，，bsgenome.btaurus.ucsc.bostau4，，，，bsgenome.btaurus.ucsc.bostau4.masked，，，，bsgenome.btaurus.ucsc.bostau6，，，，bsgenome.btaurus.ucsc.bostau6.masked，，，，bsgenome.btaurus.ucsc.bostau8，，，，bsgenome.btaurus.ucsc.bostau9，，，，bsgenome.btaurus.ucsc.bostau9.masked，，，，bsgenome.carietinum.ncbi.v1，，，，bsgenome.celegans.ucsc.ce10，，，，bsgenome.celegans.ucsc.ce11，，，，bsgenome.celegans.ucsc.ce2，，，，bsgenome.celegans.ucsc.ce6，，，，bsgenome.cfamiliaris.ucsc.canfam2，，，，bsgenome.cfamiliaris.ucsc.canfam2.masked，，，，bsgenome.cfamiliaris.ucsc.canfam3，，，，bsgenome.cfamiliaris.ucsc.canfam3.masked，，，，BSGENOME.CJACCHUS.UCSC.CALJAC3，，，，BSGENOME.CJACCHUS.UCSC.CALJAC4，，，，bsgenome.cneoformansvargrubiikn99.ncbi.asm221672v1，，，，bsgenome.creinhardtii.jgi.v5.6，，，，bsgenome.dmelanogaster.ucsc.dm2，，，，bsgenome.dmelanogaster.ucsc.dm2.masked，，，，bsgenome.dmelanogaster.ucsc.dm3，，，，bsgenome.dmelanogaster.ucsc.dm3.masked，，，，bsgenome.dmelanogaster.ucsc.dm6，，，，BSGENOME.DRERIO.UCSC.DANRER10，，，，bsgenome.drerio.ucsc.danrer11，，，，BSGENOME.DRERIO.UCSC.DANRER5，，，，bsgenome.drerio.ucsc.danrer5.masked，，，，BSGENOME.DRERIO.UCSC.DANRER6，，，，bsgenome.drerio.ucsc.danrer6.masked，，，，BSGENOME.DRERIO.UCSC.DANRER7，，，，bsgenome.drerio.ucsc.danrer7.masked，，，，bsgenome.dvirilis.ensembl.dvircaf1，，，，bsgenome.ecoli.ncbi.20080805，，，，bsgenome.gaculeatus.ucsc.gasacu1，，，，bsgenome.gaculeatus.ucsc.gasacu1.masked，，，，bsgenome.ggallus.ucsc.galgal3，，，，bsgenome.ggallus.ucsc.galgal3.masked，，，，bsgenome.ggallus.ucsc.galgal4，，，，bsgenome.ggallus.ucsc.galgal4.masked，，，，bsgenome.ggallus.ucsc.galgal5，，，，bsgenome.ggallus.ucsc.galgal6，，，，bsgenome.gmax.ncbi.gmv40，，，，bsgenome.hsapiens.ncbi.grch38，，，，bsgenome.hsapiens.ncbi.t2t.chm13v2.0，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg17，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg17.masked，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg18，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg18.masked，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19.masked，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg38，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg38.masked，，，，bsgenome.mdomestica.ucsc.mondom5，，，，bsgenome.mfascicularis.ncbi.5.0，，，，bsgenome.mfascicularis.ncbi.6.0，，，，bsgenome.mfuro.ucsc.musfur1，，，，BSGENOME.MMULATTA.UCSC.RHEMAC10，，，，BSGENOME.MMULATTA.UCSC.RHEMAC2，，，，BSGENOME.MMULATTA.UCSC.RHEMAC2.MASKED，，，，BSGENOME.MMULATTA.UCSC.RHEMAC3，，，，bsgenome.mmulatta.ucsc.rhemac3.masked，，，，BSGENOME.MMULATTA.UCSC.RHEMAC8，，，，bsgenome.mmusculus.ucsc.mm10，，，，bsgenome.mmusculus.ucsc.mm10.masked，，，，bsgenome.mmusculus.ucsc.mm39，，，，bsgenome.mmusculus.ucsc.mm8，，，，bsgenome.mmusculus.ucsc.mm8.masked，，，，bsgenome.mmusculus.ucsc.mm9，，，，bsgenome.mmusculus.ucsc.mm9.masked，，，，bsgenome.osativa.msu.msu7，，，，bsgenome.ppaniscus.ucsc.panpan1，，，，bsgenome.ppaniscus.ucsc.panpan2，，，，bsgenome.ptroglodytes.ucsc.pantro2，，，，bsgenome.ptroglodytes.ucsc.pantro2.masked，，，，bsgenome.ptroglodytes.ucsc.pantro3，，，，bsgenome.ptroglodytes.ucsc.pantro3.masked，，，，bsgenome.ptroglodytes.ucsc.pantro5，，，，bsgenome.ptroglodytes.ucsc.pantro6，，，，bsgenome.rnorvegicus.ucsc.rn4，，，，bsgenome.rnorvegicus.ucsc.rn4.masked，，，，bsgenome.rnorvegicus.ucsc.rn5，，，，bsgenome.rnorvegicus.ucsc.rn5.masked，，，，bsgenome.rnorvegicus.ucsc.rn6，，，，BSGENOME.RNORVEGICUS.UCSC.RN7，，，，BSGENOME.SCEREVISIAE.UCSC.SACCER1，，，，BSGENOME.SCEREVISIAE.UCSC.SACCER2，，，，BSGENOME.SCEREVISIAE.UCSC.SACCER3，，，，BSGENOME.SSCROFA.UCSC.SUSSCR11，，，，BSGENOME.SSCROFA.UCSC.SUSSCR3，，，，bsgenome.sscrofa.ucsc.susscr3.masked，，，，bsgenome.tgondii.toxodb.7.0，，，，bsgenome.tguttata.ucsc.taegut1，，，，bsgenome.tguttata.ucsc.taegut1.masked，，，，bsgenome.tguttata.ucsc.taegut2，，，，bsgenome.vvinifera.urgi.iggp12xv0，，，，bsgenome.vvinifera.urgi.iggp12xv2，，，，bsgenome.vvinifera.urgi.iggp8x，，，，BSSEQ，，，，Busparse，，，，卡格，，，，Chromvar，，，，Circrnaprofiler，，，，清理，，，，夹层，，，，Crisprbowtie，，，，Crisprbwa，，，，CRISPRSEEK，，，，CRISPRSEEKPLUS，，，，Diffhic，，，，dpeak，，，，EnhancerHomogsearch，，，，富集，，，，esatac，，，，EventPointer，，，，Exomepeak2，，，，FitCons.UCSC.HG19，，，，弗雷泽，，，，GCAPC，，，，基因组化，，，，GenomicDistributionsData，，，，Genvisr，，，，GGBIO，，，，GMAPR，，，，Greylistchip，，，，Guideseq，，，，GVIZ，，，，Hiannotator，，，，hicdcplus，，，，inpas，，，，同工型间分析仪，，，，M6aboost，，，，Madseq，，，，mafdb.1kgenomes.phase1.grch38，，，，mafdb.1kgenomes.phase1.hs37d5，，，，mafdb.1kgenomes.phase3.grch38，，，，mafdb.1kgenomes.phase3.hs37d5，，，，mafdb.exac.r1.0.grch38，，，，mafdb.exac.r1.0.hs37d5，，，，mafdb.exac.r1.0.nontcga.grch38，，，，mafdb.exac.r1.0.nontcga.hs37d5，，，，mafdb.gnomad.r2.1.grch38，，，，mafdb.gnomad.r2.1.hs37d5，，，，mafdb.gnomadex.r2.1.grch38，，，，mafdb.gnomadex.r2.1.hs37d5，，，，mafdb.topmed.freeze5.hg19，，，，mafdb.topmed.freeze5.hg38，，，，mafh5.gnomad.v3.1.1.grch38，，，，mafh5.gnomad.v3.1.2.grch38，，，，Methrix，，，，甲基赛克，，，，mmdiff2，，，，莫利萨，，，，主题2 sote，，，，Motifbreakr，，，，MotifMatchr，，，，MSGBSR，，，，Multicrispr，，，，mungesumstats，，，，Musicatk，，，，突变模式，，，，nxtirfcore，，，，ORFIK，，，，phastcons100way.ucsc.hg19，，，，phastcons100way.ucsc.hg38，，，，phastcons7way.ucsc.hg38，，，，ping，，，，管框，，，，podkat，，，，QSEA，，，，准，，，，R453plus1toolbox，，，，Rarevariantvis，，，，RCAS，，，，区域人，，，，REMP，，，，repitools，，，，RibosomeProfilingQC，，，，rnamodr，，，，Scmeth，，，，范围，，，，sigspack，，，，Singlemoleculefootprinting，，，，snplocs.hsapiens.dbsnp.20120608，，，，snplocs.hsapiens.dbsnp141.grch38，，，，snplocs.hsapiens.dbsnp142.grch37，，，，snplocs.hsapiens.dbsnp144.grch37，，，，snplocs.hsapiens.dbsnp144.grch38，，，，snplocs.hsapiens.dbsnp149.grch38，，，，snplocs.hsapiens.dbsnp150.grch38，，，，snplocs.hsapiens.dbsnp151.grch38，，，，snplocs.hsapiens.dbsnp155.grch38，，，，稀疏，，，，Spatzie，，，，尖刺，，，，TAPSEQ，，，，TFBSTOOLS，，，，特雷娜，，，，Trnascanimport，，，，Ularcirc，，，，umi4cats，，，，变体，，，，变体滤波器，，，，变体工具，，，，Xnastring，，，，xtrasnplocs.hsapiens.dbsnp141.grch38，，，，xtrasnplocs.hsapiens.dbsnp144.grch37，，，，xtrasnplocs.hsapiens.dbsnp144.grch38
建议我	生物弦，，，，Biovizbase，，，，Chippeakanno，，，，chipseq，，，，EasyRnaseq，，，，艾萨尔，，，，Generegionscan，，，，GenomeInfodB，，，，基因组签名，，，，GenomicFeatures，，，，基因组机，，，，maftools，，，，metaseqr2，，，，幻影，，，，Plotgardener，，，，Proteodisco，，，，pwmenrich，，，，QDNASEQ，，，，补偿，，，，Ribocrypt，，，，rtracklayer，，，，Sitadela，，，，snplocs.hsapiens.dbsnp.20101109
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	bsgenome_1.64.0.tar.gz
Windows二进制	bsgenome_1.64.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	BSGENOME_1.64.0.TGZ
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/bsgenome
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/bsgenome
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/bsgenome/
软件包下载报告	下载统计