BRGenomics

DOI:10.18129 / B9.bioc.BRGenomics

高分辨率的基因组数据的有效分析工具

Bioconductor版本:版本(3.17)

这个包提供了有用的和高分辨率的基因组数据分析的有效工具使用标准Bioconductor方法和类。BRGenomics功能丰富,简化了许多post-alignment处理步骤和数据处理。重点是高效的多个数据集的分析,支持标准化和黑名单。包括功能:在规范数据;生成basepair-resolution readcounts和覆盖率数据(例如热图);进口和加工bam文件(例如转换为权贵文件);生成metaplots / metaprofiles与置信区间(引导的意思是概要文件);方便地调用DESeq2不用sample-blind genewise色散的估计;其他功能。

作者:迈克DeBerardine (aut (cre)

维护人员:迈克DeBerardine < mike.deberardine gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“BRGenomics”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“BRGenomics”)

HTML	R脚本	分析多个数据集
HTML	R脚本	DESeq2与全球扰动
HTML	R脚本	开始
HTML	R脚本	进口和修改注释
HTML	R脚本	导入和处理数据
HTML		概述
HTML	R脚本	概要情节和引导
HTML	R脚本	序列提取
HTML	R脚本	信号计数
HTML	R脚本	在归一化
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ATACSeq,ChIPSeq,报道,DataImport,GeneExpression,GeneRegulation,归一化,RNASeq,测序,软件,转录
版本	1.12.0
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(3年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.0),rtracklayer,GenomeInfoDb,S4Vectors
进口	GenomicRanges平行,IRanges统计数据,Rsamtools,GenomicAlignments,DESeq2,SummarizedExperiment、跑龙套、方法
链接
建议	BiocStyle,rmarkdown knitr testthat,apeglm、遥控器、ggplot2 reshape2,Biostrings
SystemRequirements
增强了
URL	https://mdeber.github.io
BugReports	https://github.com/mdeber/BRGenomics/issues
取决于我
进口我	EpiCompare
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	BRGenomics_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	BRGenomics_1.12.0.zip
macOS二进制(x86_64)	BRGenomics_1.12.0.tgz
macOS二进制(arm64)	BRGenomics_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BRGenomics
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ BRGenomics
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/BRGenomics/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BRGenomics/
包下载报告	下载数据