BOBaFIT

DOI:10.18129 / B9.bioc.BOBaFIT

使用聚类过程改装二倍体区域配置文件

Bioconductor版本:发行版(3.16)

此包提供了一种方法来改装和纠正复制数配置文件中的二倍体区域。它使用一种聚类算法来识别病理特异性的正常(二倍体)染色体，然后使用它们的拷贝数信号来改装整个剖面。该包由三个函数组成:DRrefit(主函数)，ComputeNormalChromosome和PlotCluster。

作者:Andrea Poletti [aut]， Gaia Mazzocchetti [aut, cre]， Vincenza Solli [aut]

维护者:Gaia Mazzocchetti <生物信息学。Seragnoli在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“BOBaFIT”)

超文本标记语言	R脚本	BOBaFIT。限制型心肌病
超文本标记语言	R脚本	使用TCGA-BRCA数据库进行数据准备。限制型心肌病
PDF		参考手册

细节

biocViews	聚类，CopyNumberVariation，归一化，软件，可视化
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	GPL (>= 3)
取决于	R (>= 2.10)
进口	dplyr，NbClust，ggplot2，ggbio， grDevices, stats，tidyr，GenomicRanges，ggforce，stringr，plyranges，方法，utils，magrittr
链接
建议	rmarkdown，减价，BiocStyle，knitr，testthat(>= 3.0.0)， utils，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/andrea-poletti-unibo/BOBaFIT
BugReports	https://github.com/andrea-poletti-unibo/BOBaFIT/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	BOBaFIT_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	BOBaFIT_1.2.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	BOBaFIT_1.2.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	BOBaFIT_1.1.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BOBaFIT
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BOBaFIT
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BOBaFIT/
软件包下载报告	下载数据