BDMMAcorrect

DOI:10.18129 / B9.bioc.BDMMAcorrect

荟萃分析的宏基因组读计数数据从不同的人群

Bioconductor版本:版本(3.17)

宏基因组测序技术使微生物的定量分析。然而,结合微生物数据从这些实验挑战是由于实验之间的差异。现有的方法纠正批不考虑variables-microbial分类单元之间的交互影响微生物研究和微生物的overdispersion数据。因此,他们并不适用于微生物组的数据。我们开发一种新方法,贝叶斯Dirichlet-multinomial回归分析(BDMMA),同时模型批处理效果和检测与表型相关的微生物类群。BDMMA自动模型微生物类群之间的依赖和强劲的高维度微生物及其协会稀疏。

作者:振威戴< daizwhao gmail.com >

维修工:振威戴< daizwhao gmail.com >

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PDF	R脚本	BDMMAcorrect_user_guide
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细节

biocViews	BatchEffect,贝叶斯,ImmunoOncology,微生物组,软件
版本	1.18.1
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(4.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R(> = 3.5),素食,椭圆,ggplot2,猿,SummarizedExperiment
进口	Rcpp (> = 0.12.12)、RcppArmadillo RcppEigen,统计数据
链接	Rcpp、RcppArmadillo RcppEigen
建议	knitr rmarkdown,BiocGenerics
SystemRequirements
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包档案

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源包	BDMMAcorrect_1.18.1.tar.gz
Windows二进制	BDMMAcorrect_1.18.1.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	BDMMAcorrect_1.18.1.tgz
macOS二进制(arm64)	BDMMAcorrect_1.17.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BDMMAcorrect
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ BDMMAcorrect
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/BDMMAcorrect/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BDMMAcorrect/
包下载报告	下载数据
老BioC 3.17源码包	源存档