AnnotationHub

doi：10.18129/b9.bioc.annotationHub

客户访问AnnotationHub资源

生物导体版本：版本（3.15）

该软件包为生物导体AnnotationHub Web资源提供了一个客户端。AnnotationHub Web资源提供了一个中心位置，可以从标准位置（例如UCSC，Ensembl）中发现基因组文件（例如VCF，BED，假发）和其他资源。资源包括有关每个资源的元数据，例如文本描述，标签和修改日期。客户端创建并管理用户检索到的本地文件缓存，并帮助快速且可重复可访问。

作者：Bioconductor软件包维护者[CRE]，Martin Morgan [AUT]，Marc Carlson [CTB]，Dan Tenenbaum [CTB]，Sonali Arora [CTB] [CTB]，Valerie Oberchain [CTB]，Kayla Morrell [CTB]，Lori Shepherd [Aut] [CTB]

维护者：bioconductor.org>的生物导体套件维护器<维护器>

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ AnnotationHub”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ AnnotationHub”）

html	R脚本	AnnotationHub：访问AnnotationHub Web服务
html	R脚本	AnnotationHub：AnnotationHub如何进行
html	R脚本	故障排除集线器
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	DataImport，，，，GUI，，，，基础设施，，，，软件，，，，第三派对人
版本	3.4.0
在生物导体中	Bioc 2.12（R-3.0）（9年）
执照	艺术2.0
要看	生物基因（> = 0.15.10），Biocfilecache（> = 1.5.1）
进口	utils，方法，grdevices，rsqlite，，，，生物管理器，，，，生物群，，，，卷曲，，，，Rappdirs，，，，AnnotationDbi（> = 1.31.19），S4VECTORS，，，，InteractiveSplayBase，，，，httr，，，，Yaml，，，，dplyr
链接
建议	iranges，，，，基因组机，，，，GenomeInfodB，，，，变体，，，，rsamtools，，，，rtracklayer，，，，生物使用，，，，尼特，，，，注释，，，，rbiopaxparser，，，，运行，，，，GenomicFeatures，，，，MSNBase，，，，MZR，，，，生物弦，，，，总结性特征，，，，实验室，，，，GDSFMT，，，，rmarkDown，，，，Hubpub
系统要求
增强	AnnotationHubdata
URL
BugReports	https://github.com/bioconductor/annotationhub/issues
取决于我	加合体，，，，注解，，，，AnnotationHubdata，，，，epitxdb.hs.hg38，，，，epitxdb.mm.mm10，，，，epitxdb.sc.saccer3，，，，eupathdb，，，，实验室，，，，基因组态，，，，Hipathia，，，，IPDDB，，，，lrcell，，，，metagxbreast，，，，Metagxovarian，，，，雏形，，，，org.mxanthus.db，，，，panther.db，，，，phastcons30way.ucsc.hg38，，，，蛋白质组学杂志，，，，rgenoMetracksdata，，，，测序，，，，Sesamedata，，，，Synaptome.Data，，，，art，，，，UCSCREPETMASKER
进口我	加合物，，，，Ahlrbasedbs，，，，ahmeshdbs，，，，Ahpathbankdbs，，，，ahpubmeddbs，，，，ahwikipathwaysdbs，，，，Alpinedata，，，，替代方案，，，，替代方案，，，，Annotatr，，，，Atena，，，，生物模仿者，，，，Biscuiteerdata，，，，CellDex，，，，chipseqdbdata，，，，Circrnaprofiler，，，，comethdmr，，，，CTRAP，，，，策划的元素元素，，，，策展tbdata，，，，策展，，，，CustomCMPDB，，，，DEPMAP，，，，DMRSEQ，，，，droplettestfiles，，，，更轻松的数据，，，，enmix，，，，Epicompare，，，，fieldeffectcrc，，，，flowsorted.blood.epic，，，，Flowsorted.cordbloodcombined.450k，，，，GenomicDistributionsData，，，，GenomicsCores，，，，grasp2db，，，，GSEABENCHMARKER，，，，Gwascat，，，，HCADATA，，，，HMP16SDATA，，，，HMP2DATA，，，，MacSr，，，，McSurvdata，，，，网眼，，，，代谢物图，，，，metagxpancreas，，，，甲基，，，，MSIGDB，，，，MSNID，，，，nxtirfcore，，，，OGRE，，，，Ontoproc，，，，psichomics，，，，杂种，，，，Regutools，，，，REMP，，，，安息，，，，rlhub，，，，rlseq，，，，Scanmirapp，，，，Scannotatr，，，，Scmeth，，，，scpdata，，，，scrnaseq，，，，sctensor，，，，Singlecellmultimodal，，，，空间Libd，，，，Synaptome.db，，，，Tabulamurissenisdata，，，，tcgaworkflow，，，，tenxbraindata，，，，tenxbusdata，，，，tenxpbmcdata，，，，tsrchitect，，，，结核，，，，tximeta，，，，Ularcirc
建议我	Ahensdbs，，，，BGEECALL，，，，Bioplex，，，，芝加哥，，，，Chippeakanno，，，，Cindex，，，，clusterProfiler，，，，cnvranger，，，，可可，，，，CTCF，，，，dnashaper，，，，杜普拉达尔，，，，埃尔默，，，，EncodexplorerData，，，，Ensembldb，，，，日期，，，，Epinem，，，，epitxdb，，，，epivizrchart，，，，epivizrdata，，，，排除，，，，基因组机，，，，glimma，，，，Gosemsim，，，，Gwascatdata，，，，Harmonizedtcgadata，，，，马瑟，，，，米拉，，，，MSNBase，，，，Multicrispr，，，，nullranges，，，，Ontoprocdata，，，，有机体，，，，Plotgardener，，，，重新甲基化，，，，土星，，，，tcgabiolinks，，，，tcgautils，，，，变体，，，，xcore
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	AnnotationHub_3.4.0.tar.gz
Windows二进制	AnnotationHub_3.4.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	AnnotationHub_3.4.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/annotationHub
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/AnnotationHub
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/annotationhub/
软件包下载报告	下载统计