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AnnotationForge
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DOI:10.18129 / B9.bioc.AnnotationForge
用于构建基于sqlite的注释数据包的工具
Bioconductor版本:Release (3.15)
提供用于生成Annotation包及其数据库的代码。生成的包将与AnnotationDbi一起使用。
作者:Marc Carlson, Hervé Pagès
维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>
引文(从R内，输入引用(“AnnotationForge”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“AnnotationForge”)
| R脚本 | AnnotationForge:为自定义标注资源创建选择接口 | |
| R脚本 | 创建探测包 | |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 制造新的生物包装 |
| R脚本 | SQLForge:使用标准数据库模式创建新注释包的简单方法。 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 注释，基础设施，软件 |
| 版本 | 1.38.0 |
| 在Bioconductor | BioC 2.11 (R-2.15)(10年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R(>= 3.5.0)，方法，utils，BiocGenerics(> = 0.15.10),Biobase(> = 1.17.0),AnnotationDbi(> = 1.33.14) |
| 进口 | DBI，RSQLite，XML，S4Vectors，RCurl |
| 链接 | |
| 建议 | biomaRt，httr，GenomeInfoDb(> = 1.17.1),Biostrings，affy，hgu95av2.db，human.db0，org.Hs.eg.db，Homo.sapiens，GO.db，减价，BiocStyle，knitr，BiocManager，BiocFileCache |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/AnnotationForge |
| BugReports | https://github.com/Bioconductor/AnnotationForge/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | AnnotationHubData，GGHumanMethCancerPanelv1.db，GOstats，ViSEAGO |
| 建议我 | AnnotationDbi，AnnotationHub |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | AnnotationForge_1.38.0.tar.gz |
| Windows二进制 | AnnotationForge_1.38.0.zip |
| macOS 10.13 (High Sierra) | AnnotationForge_1.38.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/AnnotationForge |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/AnnotationForge |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/AnnotationForge/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
