AnnotationForge

DOI:10.18129 / B9.bioc.AnnotationForge

用于构建基于sqlite的注释数据包的工具

Bioconductor版本:Release (3.15)

提供用于生成Annotation包及其数据库的代码。生成的包将与AnnotationDbi一起使用。

作者:Marc Carlson, Hervé Pagès

维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>

引文(从R内,输入引用(“AnnotationForge”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“AnnotationForge”)

PDF R脚本 AnnotationForge:为自定义标注资源创建选择接口
PDF R脚本 创建探测包
超文本标记语言 R脚本 制造新的生物包装
PDF R脚本 SQLForge:使用标准数据库模式创建新注释包的简单方法。
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 注释基础设施软件
版本 1.38.0
在Bioconductor BioC 2.11 (R-2.15)(10年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R(>= 3.5.0),方法,utils,BiocGenerics(> = 0.15.10),Biobase(> = 1.17.0),AnnotationDbi(> = 1.33.14)
进口 DBIRSQLiteXMLS4VectorsRCurl
链接
建议 biomaRthttrGenomeInfoDb(> = 1.17.1),Biostringsaffyhgu95av2.dbhuman.db0org.Hs.eg.dbHomo.sapiensGO.db减价BiocStyleknitrBiocManagerBiocFileCache
SystemRequirements
增强了
URL //www.anjoumacpherson.com/packages/AnnotationForge
BugReports https://github.com/Bioconductor/AnnotationForge/issues
全靠我
进口我 AnnotationHubDataGGHumanMethCancerPanelv1.dbGOstatsViSEAGO
建议我 AnnotationDbiAnnotationHub
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 AnnotationForge_1.38.0.tar.gz
Windows二进制 AnnotationForge_1.38.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) AnnotationForge_1.38.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/AnnotationForge
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/AnnotationForge
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/AnnotationForge/
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  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网