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AneuFinder
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DOI:10.18129 / B9.bioc.AneuFinder
单细胞测序数据拷贝数变异分析
Bioconductor版本:发行版(3.16)
AneuFinder实现了单细胞全基因组测序和链序列数据的拷贝数检测、断点检测、核型和异质性分析功能。
作者:Aaron Taudt, Bjorn Bakker, David Porubsky
维护者:Aaron Taudt < Aaron。Taudt在gmail.com>
引文(从R内，输入引用(“AneuFinder”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放。
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“AneuFinder”)
| R脚本 | 快速介绍AneuFinder | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | CopyNumberVariation，GenomicVariation，HiddenMarkovModel，ImmunoOncology，测序，SingleCell，软件，WholeGenome |
| 版本 | 1.26.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.3 (R-3.3)(6.5年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R (>= 3.5)，GenomicRanges，ggplot2，cowplot，AneuFinderData |
| 进口 | 方法，utils, grDevices，图形，统计，foreach，doParallel，BiocGenerics(> = 0.31.6),S4Vectors，GenomeInfoDb，IRanges，Rsamtools，bamsignals，DNAcopy，ecp，Biostrings，GenomicAlignments，reshape2，ggdendro，ggrepelReorderCluster,mclust |
| 链接 | |
| 建议 | knitr，BiocStyle，testthat，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10 |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/ataudt/aneufinder.git |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | AneuFinder_1.26.0.tar.gz |
| Windows二进制 | AneuFinder_1.26.0.zip(64位) |
| macOS二进制文件(x86_64) | AneuFinder_1.26.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | AneuFinder_1.26.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/AneuFinder |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/AneuFinder |
| 生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/AneuFinder/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/AneuFinder/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
