AUCell

DOI:10.18129 / B9.bioc.AUCell

AUCell:分析单细胞RNA-seq数据中的“基因集”活性(例如识别具有特定基因特征的细胞)

Bioconductor版本:发行版(3.16)

AUCell允许在单细胞RNA-seq数据中识别具有活性基因集(如签名、基因模块等)的细胞。AUCell使用“曲线下面积”(AUC)来计算输入基因集的一个关键子集是否在每个细胞的表达基因中富集。AUC评分在所有细胞中的分布允许探索签名的相对表达。由于评分方法是基于排名的，AUCell独立于基因表达单元和归一化过程。此外，由于单元格是单独计算的，它可以很容易地应用于更大的数据集，如果需要，可以对表达式矩阵进行分组。

作者:Sara Aibar, Stein Aerts。计算生物学实验室“，”VIB-KU鲁汶脑疾病研究中心。比利时鲁汶。

维护者:Sara Aibar < Sara。在kuleuven.vib.be aibar >

安装

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如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("AUCell")

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文档

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超文本标记语言	R脚本	鉴别具有活性基因集的细胞
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression，GeneSetEnrichment，归一化，SingleCell，软件，转录，转录组，WorkflowStep
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 3.6 (R-3.4)(5年)
许可证	GPL-3
取决于
进口	DelayedArray，DelayedMatrixStats，data.table、图形、grDevicesGSEABase、方法、mixtools，R.utils，闪亮的统计数据,SummarizedExperiment，BiocGenerics,跑龙套
链接
建议	Biobase，BiocStyle，doSNOW，dynamicTreeCut，DT，GEOquery，knitr，NMF，plyr，R2HTML，rmarkdown，reshape2，情节，rbokeh，Rtsne，testthat，动物园
SystemRequirements
增强了	doMC，doRNG，doParallel，foreach
URL	http://scenic.aertslab.org
取决于我	OSCA.basic
进口我	RcisTarget
建议我	解耦
我的链接
构建报告

包档案

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源包	AUCell_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	AUCell_1.20.0.zip
macOS二进制(x86_64)	AUCell_1.20.0.tgz
macOS二进制(arm64)	AUCell_1.19.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/AUCell
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ AUCell
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/AUCell/
包下载报告	下载数据