ATACseqTFEA

DOI:10.18129 / B9.bioc.ATACseqTFEA

转录因子为ATAC-seq富集分析

Bioconductor版本:版本(3.17)

化验Transpose-Accessible染色质使用排序(ATAC-seq)是一个技术评估全基因组染色质易访问性通过探索开放的染色质活跃突变Tn5转座酶将测序适配器插入开放区域的基因组。ATACseqTFEA是当前计算的改进方法,检测转录因子的活性差(TFs)。ATACseqTFEA不仅使用开放地区的差异信息,但也(或强调)的差异TFs足迹(减少站点或插入站点)。ATACseqTFEA提供了一种简便的,严格的方式广泛评估特遣部队活动变化之间的两个条件。

作者:Jianhong Ou (aut (cre)

维护人员:Jianhong Ou <,或者在duke.edu >

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细节

biocViews	ATACSeq,DNASeq,GeneRegulation,MNaseSeq,测序,软件
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.16 (r - 4.2)(0.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.2)
进口	BiocGenerics,S4Vectors,IRanges矩阵,GenomicRanges,GenomicAlignments,GenomeInfoDb,SummarizedExperiment,Rsamtools,motifmatchr,TFBSTools、统计、pracma ggplot2、ggrepel dplyr,limma、方法
链接
建议	BSgenome.Drerio.UCSC.danRer10knitr testthat,ATACseqQCrmarkdown,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/jianhong/ATACseqTFEA
BugReports	https://github.com/jianhong/ATACseqTFEA/issues
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包档案

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源包	ATACseqTFEA_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	ATACseqTFEA_1.2.0.zip
macOS二进制(x86_64)	ATACseqTFEA_1.2.0.tgz
macOS二进制(arm64)	ATACseqTFEA_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ATACseqTFEA
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ATACseqTFEA
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/ATACseqTFEA/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ATACseqTFEA/
包下载报告	下载数据